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优迅医学简介

北京优迅医学检验所有限公司以一批有志于推动基因科技及其产业化创新发展,拥有丰富实践经验和成熟运作模式与雄厚市场渠道的专业精英团队为核心,建有近3000平米的临床分子检验及基因测序实验室,拥有世界一流的基因测序硬件设备与相应生物信息分析能力,搭建了全球领先的NEXTSEQ CN500和HISEQ 4000高通量测序及生物信息分析平台,具备批量样本检测及海量数据处理分析能力,基因科技研发与产品孵化能力居于国内前列。

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北方秋日渐凉,但本周末优迅医学在京津两地连开两场的肿瘤精准医疗临床应用学术沙龙气氛火热。精准医疗已被临床广泛接受,基于基因检测的肿瘤精准治疗更是快速发展,逐步得到临床认可。11月11日,优迅医学北京区域肿瘤精准医疗临床应用学术沙龙召开。北京大学国际医院胃肠肿瘤外科宁宁主任率先开讲,围绕“命里有时终须有?——基因检测能为我们带来什么”这一实际问题,联系自身多年临床经验阐述了肿瘤精准医疗的内涵。通过回顾目前胃癌、结直肠癌等多个癌种的热点基因、遗传特征,分析了基因检测在科室开展的情况,并以实际病例展示对诊疗带来的启发。基因检测能够提供下一步研究的重点,科室在研多个项目,如遗传肿瘤、ctDNA项目,针对优迅推出的CTC检测,设计开展了肿瘤患者应用腹腔镜和开腹手术的对比,目的在于深入探索腹腔镜是否会造成肿瘤转移,为讨论提供依据。基因检测分析能够更准确而全面的认识肿瘤,大数据的叠加将引发更多的研究热点,推动现代医学的发展。北京大学国际医院胃肠肿瘤外科宁宁主任作报告随后,拥有多年NGS及肿瘤临床产品经验的优迅医学产品总监杜蓉,与在场临床专家深入讨论了NGS技术的应用与局限。作为服务临床的基因检测公司,优迅医学以雄厚的技术研发实力和强大的检测平台实现弯道超车,广泛开展临床合作。NGS检测具有检测基因范围全,准确性强、灵敏性高的技术优势,基因科技正在改变目前癌症早期筛查及治疗的被动局面,争取实现癌症的早期发现与有效治疗。但同样需要客观认识目前NGS在临床应用中存在的问题,如报告解读、临床证据等级评估、患者后续管理等。这需要优迅与临床通力合作,深入研究。优迅医学产品总监杜蓉作报告与会专家与杜蓉总监探讨问题北京区域沙龙的举办点燃了精彩大幕,11月12日,优迅医学天津区域肿瘤精准医疗临床应用沙龙亦如期召开。优迅医学天津区域肿瘤精准医疗临床应用沙龙主管天津区域孙学丽经理有心的将秋的景色带进了沙龙会场,也总结了公司一年来的收获,从融资成功,到新型算法成功登录Nature子刊,从室间质评满分捷报频传,到参与的国家重点研发计划阶段性汇报成果喜人,向与会临床专家介绍了一个综合实力不断增强的优迅医学。对于天津区域的情况她也进行了深入的总结,并将天津区域基因检测的结果统计与大家进行了分享。她认为天津许多医院都有着数据深度挖掘创造研究成果的潜力,公司愿支持临床共同取得更多科研成果。优迅医学天津区域孙学丽经理作报告随后天津市静海医院肿瘤科王曰林主任,讲述了经他诊治的众多患者中的3个典型案例,与在场的临床一线主任分享了他的治疗经验,并深入探讨了在案例中的情形下影响临床决策的因素。针对王主任的案例各位专家畅所欲言,积极探讨,彼此切磋,对基因检测的临床应用达成了一定的共识。王曰林主任总结到,精准治疗是肿瘤治疗的大势所趋,精准治疗的开展有赖于精准诊断。基因检测是肿瘤诊断强有力的辅助工具,但是临床治疗的复杂性要求医生综合多方因素,需要同行共同努力,多在这样的沙龙会议中相互交流。天津市静海医院肿瘤科王曰林主任分享案例优迅医学肿瘤产品经理张强压轴登场,向与会的专家介绍了基因检测临床应用的最新进展及辅助临床治疗的重要价值,发言内容具有极强的专业性与针对性,他认为,基因检测不应该局限于单个药物单个位点,而是要建立肿瘤通路的全局信息,考虑到肿瘤通路与耐药机制的复杂性,需要上下游综合分析以获得药物疗效的准确预测,需要精确的突变比例分析给出精准的用药时机。优迅医学肿瘤产品经理张强作报告京津两场沙龙顺利举行并得到在场专家的充分肯定,是优迅医学真诚与临床沟通,服务临床决心的鉴证,期望未来能有更多这样满堂畅谈“精准医疗”、论道“基因检测”的时刻。
13Nov
2017-11
NIPT这个大家耳熟能详的二代测序技术应用,一直不疾不徐的带着大家的希望奋力生长着。NIPT作为一个颠覆性的新技术,将三大染色体非整倍体疾病的产前筛查准确率从传统唐筛的70%,一跃提升至接近诊断水平。而基于现有方法准确性的再提升,在实验流程日渐成熟的时候,难度空前。优迅医学选择直面挑战,在CTO关永涛教授的带领下,打磨算法,在提高运算准确性的同时,也实现了进一步降低技术成本的可能。优迅医学以关永涛教授领衔的科研团队于2017年11月9日在Genetics in Medicine(IF=8.2)发表了题为Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen的文章。文章报道了优迅自主研发的基于贝叶斯统计学原理的NIPT算法。该算法通过对大量样本胎儿比例的学习建立胎儿比例的先验概率,用此先验概率给Z检验的似然值加权获得后验概率。从后验概率获取贝叶斯因子,跟Z检验相比,优迅贝叶斯算法有三大优势。其一,可有效去除低胎儿比例中的假阳性(在实际数据分析中,我们从51例Z检验阳性中发现了9例假阳)。其二,贝叶斯方法可以方便有效地整合孕妇年龄风险及其他辅助检查提示的风险,做到个性化筛查。其三,贝叶斯方法可以计算汇报阳性预测值和阴性预测值(Z检验没办法做到)。这俩值给医生提供了阳性和阴性的可信度,有极大临床价值。文章题目:Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen期刊:Genetics in Medicine作者:Hanli Xu ,Shaowei Wang , Lin-Lin Ma , Shuai Huang , Lin Liang , Qian Liu , Yang-Yang Liu, Ke-Di Liu , Ze-Min Tan , Hao Ban , Yongtao Guan , and Zuhong Lu通讯作者:关永涛(优迅医学首席科技官/贝勒医学院儿童营养学与遗传统计学实验室教授)IF:8.2文章摘要目的:无创产前筛查(NIPS,Noninvasive Prenatal Screen)是将母体和胎儿混合的游离DNA进行测序。通过测定序列估算染色体含量,以此检测胎儿三倍体。传统计算方法利用Z检验比较样品与整倍体对照组,但这种方法没有完全利用到胎儿比例信息。我们提出一种贝叶斯方法,能够充分利用先验信息胎儿比例。方法:结合Z检验似然值和由性染色体含量推测出的胎儿比例先验值计算贝叶斯因子。贝叶斯方法的框架可以将孕妇年龄等多项风险因素纳入先验概率,计算出具有临床重要意义的个体阳性/阴性预测值,而这两个值在Z检验中很难得出。结果:经过比较,证明贝叶斯方法显著优于Z检验。对3405个NIPT样本进行分析,在51个阳性结果中发现至少有9个可能是Z检验导致的假阳性。结论:我们在检验统计方法的基础上,建立了利用检测同批测序数据,更加注重胎儿比例信息这一效应值的NIPT分析方法。关键词:无创,产前,先验,胎儿浓度,贝叶斯因子目前卫计委对NIPT检测开展的标准是三大染色体复合假阳性率不高于0.5%,这是个看似已经很低的数据。但是对于每个有可能避免假阳性结果的孕妈及家庭,都会掀起一场不小的风暴。持续优化方法,提高检测效率,更好的服务临床,服务大众健康,时时处处皆求精进正是优迅各项检测服务的打造与打磨之路。从三大染色体的精准判读,到覆盖全面的染色体微缺失微重复,再到单基因病的检测。优迅参与的十三五国家重点研发计划,也一直在稳步推进。
11Nov
2017-11
11月10日,“十三五”国家重点研发计划生殖健康及重大出生缺陷防控研究重点专项「常见单基因病及基因组病无创产前筛查及诊断技术平台研发及规范化应用体系建立」年度总结会在中国人民解放军总医院举办,重点围绕2017年项目进展情况、存在问题及2018年研究计划进行讨论交流。科迅生物作为此项目的课题承担方之一,参与了此次年度总结会。年度总结会合影 解放军总医院医务部科研处杨全胜副主任指出,中国每年出生缺陷患儿高达百万,不仅严重损害患儿生活质量,也给家庭和社会带来沉重的负担。然而传统的产前检查创伤大、精度低,研发具有自主产权的高精准无创伤的产前诊断技术势在必行,迫在眉睫。 杨全胜副主任发言中国人民解放军总医院戴朴教授作为项目负责人,对项目一年来整体进展情况进行了总结,主要包括研发成果、年度考核指标、经费使用情况、组织实施管理工作及存在的问题五方面。通过回顾课题技术路线,明确重点攻关方向。戴朴教授对项目进展和任务完成情况表示了肯定,但也指出仍然存在核心技术突破与实际应用有差距、参与单位间合作与实验进度缓慢等问题,需要各单位互相支援,共克难关。 戴朴教授发言 中国人民解放军总医院儿童医学中心儿内科邹丽萍主任作为子课题7「儿童常见基因组病无创产前诊断规范化平台的建立和推广」负责人,汇报课题年度进展情况。课题7主要致力于实现以下目标:研究中国儿童常见基因组病疾病谱,建立基因组病数据库;针对发病率高、诊断明确的基因组病建立规范化的NIPT策略,形成专家共识;进行规范化临床应用推广。目前已完成部分数据库的建立,科迅生物实现了NIPT技术方案优化。针对下一步研究计划中病例不足的问题,邹教授也提出了倡议,希望各单位能互帮互助共享资源。邹丽萍教授发言 专家评议环节,国家卫生计生委医药卫生科技发展研究中心贺晓慧副主任从项目管理角度提出了详细的建议,强调重要问题及重大进展一定要及时报告,深入贯彻管理办法,把握项目节点,加强科技档案管理。作为最有温度的研究,未来将惠及很多家庭,希望研究要严谨诚信。专家顾问也对各个课题进行了指导,提出疑问及新见解,引发思考。 贺晓慧副主任发言专家评议指导 科迅生物生物信息总监张静波详细阐述了科迅生物在子课题7「儿童常见基因组病无创产前诊断规范化平台的建立和推广」项目中,取得的阶段性成果以及下一步研究计划。通过改进试验方法实现了游离核算富集优化的目标,富集率可达96.1%。同时建立了基于贝叶斯因子和隐马尔科夫理论的无创基因组病微缺失微重复检测方法。攻克了胎儿核酸浓度定量、低频胎儿变异检测、目标基因靶向捕获等多项技术难点,实现了基于扩增的靶向测序与NIPT一体化,并已在遗传性耳聋、结节性硬化症等多例临床样本中得到了验证。基于ESRiT的靶向测序法无创单基因病检测已完成技术储备,接下来将对游离核酸进行测试并探索ESRIT技术在无创单基因病检测中的表现,严密关注进度,保障项目顺利推进。科迅生物生物信息总监张静波汇报项目进展 各课题组汇报结束后,大家就项目细节及下一步研究计划进行了讨论,共同探讨解决方案。 各单位积极讨论此次年度总结会系统梳理了2017年度项目的发展情况以及存在的问题,“防控出生缺陷”攻坚不易,各参与单位收获成果,也互相汲取经验。科迅生物将继续深厚技术储备,严格按照重大专项总体要求和安排,为项目的顺利实施提供有力保障。
10Nov
2017-11
11月09日,ACMG旗下杂志Genetics in Medicine(IF=8.2)刊登了题为“Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen”的最新文章。研究人员设计了一种贝叶斯方法,能够充分利用先验信息胎儿比例,显著提升无创产前筛查效力,这种新算法对于未来无创产前检测扩大筛查范围的应用有重要指导意义。据了解,这是一套完全自主研发的NIPT创新型统计算法,完美规避了传统基于Z检验方法,依赖阈值在结果分值处于“灰区”而难以判断的临床尴尬。研究团队利用隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model,HMM)剔除群体水平和母体CNV的干扰,大大拓展临床适用范围,并以平滑样条法改进GC校正方法。通过性染色体含量推断胎儿比例,拟合先验分布模型。结合Z检验似然值和由性染色体含量推测出的胎儿比例先验值,计算贝叶斯因子,同时将孕妇年龄等多项风险因素纳入先验概率对贝叶斯因子进行校正。综合Z-score及贝叶斯因子对染色体是否异常进行有效评估,计算出很难从Z检验中得出但具有临床重要意义的个体阳性/阴性预测值,使分析结果更加准确。研究人员分析了3405个NIPT样本测序数据,结果发现Z-score、胎儿比例及贝叶斯因子三者呈现正相关,其中胎儿比例与Z-score是线性相关,在胎儿比例过低时(<4%),Z检验会出现假阴性。另外研究人员选取了其中的51个Z检验阳性样本(Z-score>4),发现有9个样本利用文中贝叶斯方法计算都是阴性。虽然这9个假阳性不是在三大染色体(21、18、13)中报出,但是目前NIPT检测范围已经逐步扩至全部范围的染色体,因此对于通过Z检验得出的结果其准确性应有所警惕。文章的研究团队由优迅医学CTO关永涛(通讯作者)领衔,他认为,此方法另一重要创新之处在于利用了比惯常使用的sharp null更优的informative null。使用sharp null在贝叶斯分析中是一种普遍做法,但是这是基于它的便利性,而不是科学性。且先验信息可依据数据更迭,这是由基因测序数据提供的十分独特的方案。随着NIPT的检测范围正在逐步扩展到全部范围的染色体,无论是在控制假阳性方面,还是从统计功效降低成本角度来看,这种贝叶斯方法在相较Z检验都有很显著的优势,未来具有非常广泛的应用前景。NIPT,无创产前检测是基于二代测序利用母体外周血进行胎儿染色体异常筛查的手段,目前主要应用于T21(唐氏综合征)、T18(爱德华氏综合中)及T13(帕陶氏综合征),这些临床常见会对胎儿智力发育等产生影响的染色体费整倍体疾病。NIPT是二代测序结合基因组学研究应用于临床的第一个成功的商业案例。随着近年来技术的发展,已经有诸多文献报道,NIPT技术进一步提升精度,用于筛查染色体微缺失、微重复造成的胎儿异常具有可行性。原始出处:Hanli Xu, Shaowei Wang, Lin-Lin Ma et al. Informative Priors on Fetal Fraction Increase Power of The Noninvasive Prenatal Screen. 
12Nov
2017-11
国内首个孕期健康高风险人群基因筛查多中心项目,近日在高特佳投资企业北京优迅医学检验所有限公司(简称“优迅医学”)正式启动。该项目由北京医学会围产分会和优迅医学共同发起,北京医院、301医院、北大医院、人民医院、北医三院等12家全国顶级医疗机构联合参与。这是国内首次大规模、成体系、大贯通地探索研究基因变异对孕妇常见妊娠期疾病多种影响的项目,主要通过累积更加明确、丰富的临床基因检测大数据,设计构建国内人群妊娠期糖尿病、甲状腺疾病以及与贫血等相关的基因数据库。在此基础上,研究开发能有效评估孕期营养健康状态与并发症关联性的风险模型体系,从而为制定适合国内人群的从孕期健康筛查到出生缺陷预防,直至精准干预的全流程贯通式解决方案,奠定扎实而有效的临床科研基础。该项目的启动,正是优迅医学完成A轮融资后,向着既定战略方向迈出的一大步。为“准妈妈”们提供体系化的健康服务随着生活水平的提高,妊娠期糖尿病、妊娠期甲状腺疾病和妊娠期贫血的患病比例逐渐增高。尤其是妊娠后期,需要加强并发症和合并症的检测和治疗。通过基因分型检测,能在妊娠早期就对这些严重的并发症、合并症进行提前预判,加强管理和监测,减少后期并发症和合并症不良结果的出现。在妊娠期基因分型检测的基础上,进行全面、科学的孕期健康管理,将使加强孕期健康管理的观念更加深入人心,减少妊娠后期的并发症和合并症而引起的孕产妇危项,使之更平稳地度过整个孕期。这正是国内启动首个孕期健康高风险人群基因筛查多中心项目的积极意义。据介绍,孕产期健康基因检测产品针对备产和怀孕人群,提取人体5毫升外周血,即可检查9种会在孕期影响母婴健康的常见基因,共计70个基因位点。根据基因检测结果,制定精准的孕期健康方案,为“准妈妈”们提供体系化的健康服务。在项目启动仪式上,来自北京医学会围产分会,以及参与医院的领导专家,和优迅医学团队共同展开了研究分析,就项目在今后推进时可能出现的重大难点或关键技术问题等展开了探讨,初步评估研究了解决思路框架与相应方法手段。刚完成国内同领域今年以来最大一笔融资优迅医学在7月上旬完成了1.7亿元A轮融资,这也是国内同领域今年以来最大额度的一笔融资,由高特佳投资、险峰旗云和中信国安资本共同投资。本轮融资将用于优迅医学夯实研发深度、加快产品优化升级,以肿瘤、生育健康方向拳头产品的推广应用为抓手,加快市场化、产业链布局;依托国家十三五重大专项(优迅医学与301医院等单位共同成功申报)提供的创新通道,快速、大力完成各方出生缺陷防控方向的生产建设平台;依托美国分公司的前期积累,启动在美精准医疗与出生缺陷联合研发中心的建设,同时寻求更多的国际合作以及技术、人才引进。同时,优迅医学将继续增强全国多中心液态活检项目的投入与临床合作,建立优迅医学的中国人肿瘤基因数据库。优迅医学表示,A轮融资的完成是公司发展的标志性里程碑,更是下一阶段全面推进、加快超车的新起点。既要继续秉持过去盯紧基因产业化埋头做事、扎实攻坚的风格,更要在行业领域一些重大方向上,前瞻性布局、精准化突击。具备世界一流的基因测序硬件设备与分析能力作为国家高新技术企业,优迅医学以一批有志于推动基因科技及其产业化创新发展,拥有丰富实践经验和成熟运作模式与雄厚市场渠道的专业精英团队为核心,能够实现批量样本检测及海量数据分析处理,具备世界一流的基因测序硬件设备与相应生物信息分析能力。优迅医学集多检验平台优势互补,全方位质量管理体系保障,专注于打造集“疾病预防-预测-检测-解读-干预”于一体的现代医学健康解决方案。
29Aug
2017-11
七月上旬,优迅医学完成了1.7亿A轮融资。该融资系今年以来国内同领域最大融资额度,而且是在国际国内资金总体趋紧,领域投资方式由泛泛布局、争相撒点向深入评估、精准发力转型变化的大背景下取得的,既体现出投资机构对基因健康行业的战略重视与全面判断,也充分展示了对优迅综合实力与发展路线的战略信任与高度支持。A轮融资的圆满完成,是优迅发展进程关键时点上的一项标志性进展,更是下阶段按照既定方略全面推进、加快超车的新起点。各项规划部署以此为契机正有序展开,既要继续秉持过去盯紧基因产业化埋头做事、扎实攻坚的风格,更要在行业领域一些重大方向上、关键节点处,前瞻性布局、精准化突击。8月24日,经过前期精心筹备,国内首个孕期健康高风险人群基因筛查多中心项目在优迅正式启动。项目由北京医学会围产分会和优迅医学共同发起,北京医院、301医院、北大医院、人民医院、北医三院等十二家全国顶级医疗机构联合参与。该项目系国内首次大规模、成体系、大贯通地探索研究基因变异对中国孕妇常见妊娠期疾病的多种影响,主要通过累积更加明确和更加丰富的临床基因检测大数据,设计构建中国人群妊娠期糖尿病、甲状腺疾病以及与贫血等相关的基因数据库,并在此基础上,研究开发能有效评估孕期营养健康状态与并发症关联性的风险模型体系,从而为制定适合中国人群的从孕期健康筛查到出生缺陷预防,直至精准干预的全流程贯通式解决方案,奠定扎实而有效的临床科研基础。在启动仪式上,来自围产分会、参与医院的领导专家和优迅团队共同进行了研究讨论,进一步明确了项目的总体目标、主要任务、进度计划安排与里程碑节点成果等重要内容,并就项目在今后推进时可能出现的重大难点或关键技术问题等展开了充分探讨,初步评估研究了解决思路框架与相应方法手段。
26Aug
2017-11
导读北京大学生物动态光学成像中心/北京未来基因诊断高精尖创新中心/生命科学联合中心/工学院黄岩谊教授课题组日前在DNA测序方法的研究上取得重要突破。相关成果发表在顶级期刊Nature Biotechnology杂志上。本文转载自“北京大学生物动态光学成像中心”,原标题:黄岩谊课题组在DNA测序方法的研究上取得重要突破。该团队在此前谢晓亮教授首创的荧光发生测序技术基础上发展了一种全新概念的测序方法——纠错编码(简称ECC)测序法。ECC测序法采取一种独特的边合成边测序(SBS)策略,利用多轮测序过程中产生的简并序列间的信息冗余,大幅度增加了测序精度。该进展于2017年11月6日以“Highly accurate fluorogenic DNA sequencing with information theory-based error correction”为题在线发表于《自然 生物技术》(Nature Biotechnology)期刊上。ECC测序法的化学反应采用了荧光发生测序技术,该技术由谢晓亮课题组于2011年首次报道(Nature Methods (2011) 8, 575.),原理巧妙之处在于在DNA互补链合成时可以释放同所延伸核苷酸数目相等的荧光分子,利用这一反应可以实现低错误率的SBS。黄岩谊课题组在此基础上,过去几年对该方法进行了拓展(ChemBioChem (2015) 16, 1153.),为本次技术突破奠定了基础。该团队首先从化学原理上对荧光发生测序技术中的荧光标记分子进行了结构优化,设计合成了具有不同波长、更优性能的测序底物分子,并对聚合酶参与的各阶段反应动力学进行了细致的测量和建模;在深入理解荧光发生测序化学反应速度、完成度、副反应等关键技术细节的基础上,完善了ECC测序原理样机的搭建,不断迭代优化测序反应条件和信号采集流程;从数据入手,构建了精确的测序信号失相模型并提出了次级延伸理论,并据此开发出算法软件对测序反应失相过程做出了合理简化使其具备了实用性。在ECC测序法中,序列信息的冗余来自黄岩谊课题组新发展的“对偶碱基荧光发生”SBS测序流程,该流程通过对测序试剂按对偶碱基分为两两匹配的三组,并对待测DNA序列进行三轮独立测序,继而产生三条互相正交的简并序列编码。这三条编码可互为校验,后续不但能够通过解码推导出真实碱基序列信息,而且具备对单轮测序错误位点的校正能力。ECC编码和解码策略已被广泛应用在信息通讯和存储等其它领域中,并被证实可以有效检测和纠正数据传输或存储时发生的错误。此次黄岩谊团队在测序技术中首次引入冗余编码概念,通过和低错误率的荧光发生测序技术巧妙结合,在实验室搭建的原理样机上获得了单端测序超过200碱基读长无错误的实验结果。该论文作者包括北京大学博士后陈子天,博士研究生周文雄、乔朔、康力,段海峰副研究员,谢晓亮教授和黄岩谊教授;黄岩谊是这篇文章的通讯作者。该工作先后得到了北京市科委、国家科技部863计划、国家自然科学基金、北大-清华生命科学联合中心以及北京未来基因诊断高精尖创新中心的资助。原文链接
08Nov
2017-11
本文转载自“病理柳叶刀”。中国医学科学院肿瘤医院病理科应建明主任研究团队新近在Cancer letter上发表的题为“Major challenges related to tumor biological characteristics inaccurate mutation detection of colorectal cancer by next-generation sequencing”的一篇文章,对NGS检测CRC突变所遇到的样本选择问题进行了梳理和汇总,该文章可以为我们带来一些思考。文章回顾性研究了中国医学科学院肿瘤医院病理科的756例结直肠癌样本。其中9例样本由于肿瘤细胞比例过低(<10%)或DNA质量较差而舍弃。最终利用NGS技术,对747例样本进行了22个肿瘤相关基因(Ampliseq Colon and Lung Cancer Panel)的检测。747例样本中包括709例单一样本、22例来自11对原发灶和转移灶的配对样本、10例来自5对同一肿瘤不同蜡块的样本及6例来自3对化疗前后的配对样本。研究结果显示,53.0%(396/747)的样本,存在RAS突变(KRAS或NRAS突变)。在57.1%(431/747)的样本中发现了RAS/BRAF/PIK3CA突变(KRAS、NRAS、BRAF或PIK3CA突变)。有84.2%(629/747)的样本均检测到了突变(22个检测基因中的任意突变)。在所有22个的基因中,最常见的突变基因是TP53(56.2%),其次是KRAS(48.6%)、PIK3CA(9.6%)、FXBW7(5.1%)、NRAS(4.7%)、SMAD4(3.7%)和BRAF(3.5%)。研究者通过对数据的进一步分析,对我们如何选择合适的CRC样本进行NGS检测,给出了如下提示:1、对样本中肿瘤细胞含量进行准确评估是至关重要的。研究者根据肿瘤细胞含量将样本分为了三组:第1组(27例样本)肿瘤细胞含量为10%-19%;第2组(192例样本)肿瘤细胞含量为20%-30%;第3组(528个样本)肿瘤细胞含量>30%。研究发现,无论是从RAS、RAS/BRAF/PIK3CA突变,还是所有突变来看,第3组都比第1组的突变率高(p<0.05)。将活检样本和手术样本分组分析后,在前者中仍然得出了以上结论,但在后者中三组样本的突变检出率并没有统计学差异。以上结果表明,大多数肿瘤细胞含量≥10%的手术样本都可适用于NGS检测。但在分析肿瘤细胞含量低的活检样本时,应特别注意假阴性的可能,特别是当样本很小,或伴有坏死、粘液湖、大量淋巴细胞或其它检测(如免疫组化)已有很多样本消耗者。2、CRC的肿瘤细胞存在分子遗传学(突变)异质性。与RAS突变相比,肿瘤内异质性更易发生在PIK3CA突变的肿瘤中。肿瘤的分子遗传学(突变)异质性对CRC患者的靶向治疗是一大挑战。研究者借鉴了Normanno等报道的异质性评分(heterogeneity score,HS)值来评估肿瘤内突变的异质性。研究结果显示,PIK3CA的HS值明显低于KRAS、NRAS和BRAF。通过对RAS和PIK3CA同时突变的47例样本的分析发现,PIK3CA基因的突变丰度要显着低于相应的RAS基因的突变丰度。这些数据表明,与RAS突变相比,肿瘤内异质性更可能发生在PIK3CA突变的肿瘤中。同时也支持RAS突变常发生在CRC的早期阶段,而PIK3CA突变可能发生在肿瘤进展期的理论。3、原发性和转移性肿瘤的突变状态存在高度一致性,当转移肿瘤无法获得时,可用原发肿瘤替代检测。研究的747个样本中,原发性肿瘤样本656个,转移性肿瘤样本91个,原发性和转移性肿瘤之间的突变状态并没有显示出差异。进一步分析非配对的原发性和转移性肿瘤之间的KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA突变的HS值,也没有观察到显着差异。此外,分析11对原发灶和转移灶配对样本,11例配对样本中的10例突变状态相同。4、化疗可能会影响CRC的突变状态。对未进行化疗患者的624例样本及化疗后患者的105样本的分析发现,无论是RAS突变、RAS / BRAF / PIK3CA突变,还是含有任意突变的突变检出率,均是化疗前高于化疗后。由于化疗会杀死肿瘤细胞,降低肿瘤细胞含量而导致假阴性,所以进一步分析了肿瘤细胞比例>20%的样本,仍然可得出以上结论,提示化疗可能会影响CRC的突变状态。对其中一个病例(case470)化疗前后的两个样本检测结果的分析显示,化疗后,之前的TP53突变消失,出现了另一个新的TP53突变,其原因可能与取样差异或化疗药物诱导基因变异有关,具体机制还需进一步研究。综上所述,肿瘤细胞含量低、肿瘤异质性以及化疗都可能会影响NGS检测CRC基因变异的准确性,选择合适的样本是NGS检测的关键。此外,多区域、重复活检或使用循环肿瘤DNA动态监测可能有助于NGS更加准确的检测CRC中的突变。
31Oct
2017-11
据外媒报道,大约每100个婴儿中就有一个患有先天性心脏病(CHD),CHD仍然是导致出生缺陷死亡的主要原因。尽管手术和护理的进步提高了这些婴儿的存活率,但冠心病患者在生命后期、其他先天性畸形和神经发育缺陷的风险仍然很高。这个体式图显示了一个基因与DNA的双螺旋结构和染色体(对)的关系。染色体是x型的,因为它在分裂。内含子是通常在真核生物基因中发现的区域,这些基因在剪接过程中被移除(在DNA转录成RNA后):只有外显子编码蛋白。图上标注了一个只有55个碱基的区域作为一个基因。事实上,大多数基因的时间都是数百倍。此图来源于medicalxpress网站由于对许多冠心病的潜在基因的了解相对较少,医生们很难回答关于这些孩子未来的健康状况,以及未来后代患冠心病的风险的迫切问题。但是,来自美国心肺血液研究所儿童心脏基因组学联盟(PGCG)的一项新研究,揭示了CHD病例的一些潜在基因遗传原因,以及携带这些突变基因患者的长期影响。由布里格姆妇女医院(Brigham and Women's Hospital)的研究人员领导的研究小组本周发表了最新的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志。这项新研究是与美国七个学术中心的研究人员合作开展的,分析了2800名冠心病患者的临床和遗传数据,以及各自父母的信息。这使得研究人员能够确定哪些基因突变,是从父母遗传给后代的,而这些基因突变在孩子的基因组中会自然出现。研究小组报告了一些重要的发现:1.由父母传给孩子的基因突变研究小组发现了一种基因的突变,这种基因是FLT4,这种基因突变会一直导致被称为法罗四联症的疾病,这是一种复杂的畸形疾病,通常表现为蓝藻(cyanosis),或“蓝婴并发症”。研究小组发现基因编码肌凝蛋白(encoding myosin)的突变,编码肌凝蛋白在发育过程中高度表达的一种收缩蛋白,约占蓝婴综合症的11%(影响左心的四个区域)。2.一些基因突变首次出现在儿童的基因中研究小组报告了许多基因突变,尤其是那些修饰染色质的基因,这是一种包围DNA的复杂物质,在发育过程中发生了动态变化。在CHD患儿中,这些基因突变最常见的是导致其他先天缺陷或神经发育问题。值得注意的是,这些相同的基因突变曾经与自闭症有关,这可能解释了为什么一些患有冠心病的儿童的神经认知问题的发生率很高。这些新发现可用于扩大CHD的现有基因检测,可以提高父母预测对未来儿童心脏病复发风险的信息,以及对冠心病婴儿的长期护理。Seidman指出,虽然这项研究仍在进行中,但这些发现已经表明多达400个基因对冠心病有贡献。考虑到这一点,对婴儿的整个基因组进行测序可能是比筛查特定基因突变更好的方法。Seidman说:“全基因组测序可能是一个好方法,是检测导致出生缺陷的基因变异的最有效的方法,可能会影响儿童的短期和长期护理。”原文链接
17Oct
2017-11