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优迅医学简介

优迅医学系国高新技术产业单位,是中国癌症基金会合作机构,液态活检大规模临床试验推动者,国家科技部“十三五”重点研发计划课题承担方。优迅医学秉承“更贴近临床”的服务理念,致力于规模化出生缺陷防控与肿瘤精准医疗产业开发,在生殖健康领域,基于自主研发的贝叶斯统计算法,开发出国内领先的优馨安系列无创产前基因检测产品;在肿瘤诊疗领域,拥有ctDNA和CTC液态活检双平台助力肿瘤早筛、用药指导、预后评估及动态监测。截至目前,优迅满分通过国家卫健委、美国CAP各项室间质量评价80余次,业务覆盖全国30个省市地区及1500+医疗机构。

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昨年九省通衢长江涛声依旧,今天锦官城又迎CSPM新篇章,10月10日-12日,由中华医学会、中华医学会围产医学分会主办的中华医学会第十三次全国围产医学学术会议在四川省成都市顺利召开,以“围产期母婴安全”为主题,邀请了围产学术界的知名专家,围绕围产医学各领域新进展和热点问题进行了广泛交流。优迅医学作为行业内第一家在NIPT Plus检测中,报告胎儿浓度信息的检测服务商,设立展台,并于10月12日开展主题卫星会。一、大会盛况11日上午,中华医学会第十三次全国围产医学学术会议开幕式在成都1-3厅顺利召开,重庆医科大学第一附属医院妇产科主任戚洪波教授,复旦大学附属儿科医院曹云教授共同担任开幕式主持人,刘兴会教授,刘翰旻教授,张林教授,沈骥教授,姚志彬教授,王大方教授等围产医学行业专家莅临参会并为开幕式致辞,围产医学发展需要国内外同行共同砥砺前行,不断前进,不断创新,不忘初心,牢记使命,为了实现中华百年大计奋进。优迅医学秉承“更贴近临床”的服务理念,致力于规模化出生缺陷防控与肿瘤精准医疗产业开发。本次大会,优迅设置展台,再次赢得广大专家学者青睐,大批业内临床工作者前来咨询交流,场面火爆。二、专题卫星会针对染色体疾病遗传咨询、NIPT临床应用等热门话题,10月12日上午,优迅医学开展了“优迅医学优馨安®NIPT-Plus临床研讨会”主题卫星会,邀请业内大咖从理论到实际案例综合讨论,吸引了众多专家莅临。优迅医学副总裁韩银枫主持大会,他表示:随着近年人口生育形势日趋下行,出生缺陷防控的工作任重道远,本次会议聚焦产前筛查及产前诊断在出生缺陷防控体系中的重要作用,深入探讨如何更有效的排除遗传因素导致的各类染色体异常疾病,也是优迅医学在母婴健康领域的主攻方向。韩总感谢各位专家的到来,并隆重介绍了各位讲座专家。染色体疾病及遗传咨询孔祥东 郑州大学第一附属医院产前诊断中心孔主任是国家卫健委全国产前诊断技术专家组成员,产前筛查/诊断与遗传咨询的资深专家,临床经验丰富。他基于其中心海量临床案例,详细介绍了各类常染色体数目异常、性染色体数目异常、染色体结构改变、染色体微缺失微重复综合征及其相对应的孕期胎儿临床指征、患儿发育表型和可能的治疗方案,并根据自己长期的临床经验给出了遗传咨询建议,为临床一线工作者提供了宝贵的案例参考。其中对于性染色体数目和结构异常患者的生育问题和胎儿的妊娠问题的深入探讨,使与会的一线医生深受启发。孔主任提到:技术的发展让染色体异常的检测更加简单,测序技术相对芯片已显示出优势,高精度的检测能更多地检出异常。染色体异常遗传咨询的临床需求日益增加,对此的深入研究将为更多患儿家庭提供帮助,给到最恰当的建议供选择。染色体拷贝数异常的产前筛查与产前诊断朱宝生 云南省第一人民医院医学遗传科朱教授接棒继续讨论,朱教授是国家卫健委全国产前诊断技术专家组成员,在遗传病与生殖健康临床研究,出生缺陷预防控制等方面是行业内的领军人物。本次会议,朱教授基于其中心多年临床工作总结了多种染色体异常情况的妊娠结局。他在临床中对智力异常与染色体异常的相关性进行的研究中发现,其中有相当比例的患儿存在明确致病的异常。朱教授既往的研究发现,在原有产前筛查体系中,筛查高风险的患者携带致病的拷贝数变异的比例超过千分之三,而NIPT Plus技术的引入可以将这个比例至少提升一个数量级,随着NIPT Plus数据的积累,可以进一步推动该方面的相关研究。传统的血清学+核型分析无法检测小片段异常,无法对胎儿智力障碍进行筛查,染色体微缺失/微重复疾病的检出率长期处于较低状态,他本人领导的团队一直在推进产前筛查和诊断检测技术升级,成功帮助了数个家庭及时发现引起严重的出生缺陷的染色体。NIPT Plus对于染色体拷贝数异常的发现给临床非常好的帮助,可以有效筛查各类染色体微缺失/微重复综合征,对目前的产前筛查与产前诊断方法有了很好的补充。但是这个技术也存在着成本和检出能力间的矛盾。没有一种技术是完美的,效果和成本永远是一对矛盾体,还是需要综合具体情况灵活应用,多管齐下,在患者经济允许的情况下,尽量多的帮助其检出潜在异常。NIPT和NIPT Plus方法及临床应用伍启熹 北京优迅医学检验实验室有限公司伍启熹博士提到,当前我国超70%的出生缺陷是可以预防的,广泛开展产前筛查、普及产前筛查适宜技术很有必要。自1997年首次发现孕妇血浆中存在胎儿来源的游离DNA后,NIPT检测技术逐渐兴起。目前市场上NIPT产品的核心算法普遍采用Z检验方法,存在母体背景干扰、结果灰区无法判断等缺陷。基于此,优迅医学进行了算法升级,通过引入隐马尔科夫模型来去除母体CNV的干扰,使得背景更加干净、信号更容易检出,通过贝叶斯方法,可计算单个样本PPV/NPV,提高了结果的准确性,拓展临床适用范围。随后,伍启熹博士重点介绍了优迅开发的基于杂合比变化推断胎儿浓度的新方法(了解详情)。通过对被一条以上reads覆盖的SNP位点进行杂合性分析,来实现女胎胎儿浓度的准确推断。新升级后的优馨安®胎儿染色体异常产前基因检测(升级版),测序深度大幅提升至37.5M,保证筛查精度。筛查范围涵盖16种染色体非整倍体、115种明确致病性的染色体缺失/重复综合征及295个智力缺陷相关区域,实现了检测范围从胎儿染色体非整倍性异常至染色体微缺失/微重复综合征的飞跃,同时也根据ACMG指导意见国内首家在检测报告中体现胎儿浓度具体数值,准确判定目标区域含量变化期望值,保证更强的统计功效。临床案例讨论案例讨论环节由四川省妇幼保健院汪雪雁主任主持,邀请朱宝生、孔祥东二位教授以及四川省人民医院产前诊断中心杨季云主任作为嘉宾。案例讨论从介绍NIPT Plus临床检测中遇到的两例阳性样本开始,结合最新的临床数据,对NIPT Plus的性能及应用进行了深入讨论。汪雪雁主任总结,NIPT的技术已趋于成熟,而扩展到染色体微缺失/微重复是大势所趋,测序数据量、生物信息分析、如何有效排除母体干扰、规避Z-score的灰区风险、以及准确定量胎儿浓度等,都对检测结果有重要的影响。1. NIPT与NIPT Plus孔祥东教授NIPT和NIPT Plus郑大一附院目前同时提供给患者选择,多数患者目前更加倾向于选择检测范围更全面的NIPT Plus,无论选择哪种都要充分与患者沟通。杨季云教授希望NIPT Plus价格未来可以下降,力争用NIPT的价格享受NIPTplus的服务品质,同时由于检测范围增加,临床咨询的知情告知尤为重要。汪雪雁教授对于高龄产妇,母婴保健法中明确规定需要进行产前诊断,NIPT属于慎用人群。如果患者自行选择无创产前筛查类的检测需要进行详细的知情告知。2. 胎儿浓度朱宝生教授采样孕周适当增大,保证胎儿浓度,也可以提高拷贝数异常的发现的准确性,提高检测效率。准确定量的情况下,应该提供更多的生信分析参考数据。孔祥东教授优迅医学是第一家明确提供胎儿浓度的检测机构,而胎儿浓度对于NIPT结果的可靠性有非常大的影响。郑大一附院目前在院内进行NIPT检测,他认为所在医院也要增加胎儿浓度以及测序量作为质量控制的参考。杨季云教授胎儿浓度对于NIPT及NIPTplus检测的准确性非常重要,但是对于测序数据量的要求更高。提供胎儿浓度需要更加严格的质量控制,否则对于临床决策可能产生不良影响。案例讨论不仅局限于染色体层面的异常,汪主任还分享了其他临床上遇到的基因异常相关的疑难案例进行了讨论,与现场临床工作者深入交流,气氛热烈。本届围产会,优迅医学携生育线全线产品亮相,努力打造生育健康检测整体解决方案。现已推出优馨安®胎儿染色体异常产前基因检测(升级版)、优馨安®胎儿染色体异常产前基因检测(甄选升级版)、优馨安®无创产前基因检测、优馨益®孕产期常见疾病风险评估基因检测、优馨益®营养吸收与代谢能力基因检测、优馨益®染色体异常检测等多项母婴系列产品,囊括出生缺陷防控,疾病风险评估,营养健康指导,努力为临床一线服务。产前诊断诊疗发展至今,随着检测技术的发展和检测产品的不断问世,越来越多出生缺陷问题正在被解决。优迅医学,一直努力做“更贴近临床的基因检测服务商”,未来也将持续在产品设计和研发上再接再厉,集众家之长,用基因科技的前沿技术为减少出生缺陷作出自己的贡献。来年CSPM,再见!NIPT跟随者到NIPT Plus领先者之路点击图片看优迅医学如何依靠核心算法弯道超车
16Oct
2019-11
2019年9月18日-9月22日,第二十二届全国临床肿瘤学大会暨2019年CSCO学术年会于厦门国际会议中心如期召开。作为我国肿瘤领域最具有影响力的行业盛会之一,CSCO会议吸引了数万名肿瘤领域的顶尖专家和学者参会。优迅医学于19日召开了“全景出击·乳腺保卫战”主题卫星会。会议聚焦当前严重威胁女性健康的乳腺癌这一疾病,并对最新的乳腺癌精准医疗进展及其临床应用进行了全面的阐述,与此同时还发布了优迅医学合作参与的几个临床项目的最新进展。会议吸引了大量专家学者参会,现场气氛热烈。优迅医学于19日召开了“全景出击·乳腺保卫战”主题卫星会。会议聚焦当前严重威胁女性健康的乳腺癌这一疾病,并对最新的乳腺癌精准医疗进展及其临床应用进行了全面的阐述,与此同时还发布了优迅医学合作参与的几个临床项目的最新进展。会议吸引了大量专家学者参会,现场气氛热烈。(王翔教授致开幕词)本次会议我们邀请了中国抗癌协会乳腺癌专业委员会委员、中国医学科学院肿瘤医院乳腺外科主任王翔教授担任卫星会主席。王翔教授在开幕词中对参会的各位专家学者表示了欢迎,并简要介绍了此次与优迅医学合作的“中国人群乳腺癌复发风险评估体系多中心临床研究前瞻研究( China Breast Cancer Prognosis,CBCPro)”项目的情况,王翔教授还表示优迅医学具有先进的研究条件和设备技术,相信这次合作一定能取得有意义的成果,同时也希望有更多医院能够加入我们的研究中来。中国医学科学院肿瘤医院乳腺外科的王昕教授,为我们介绍了“基于HR阳性乳腺癌基因表达谱的中国人群远处复发风险模型的建立”。王昕教授谈到,早期筛查及诊断技术的提升是提高乳腺癌整体生存率的重要原因,而在乳腺癌的治疗方面国内处于手术化疗过度,内分泌、放疗不足的现状,基因检测可以辅助乳腺癌的分子分型及后续决策,但现有的早期乳腺癌基因检测均具有一定的局限,且缺乏中国人自己的数据支持,因此建立基于中国人群的复发风险模型十分重要。随后王昕教授为我们详细的介绍了CBCPro总体项目的设计及流程,目前项目已通过对1600余例患者的转录组测序,分为复发转移组与未复发转移组,从中筛选出差异表达基因,并搭建复发风险模型。该模型的回顾性样本模型验证已基本完成,接下来希望能够招募到更多中心共同参与之后的前瞻性评估。相信这一项目将会为提高我国乳腺癌生存率做出巨大的贡献。北京协和医院的李炎老师为我们分享了“循环肿瘤细胞Cytokeratin-19/ Survivin/Her2/MUC1基因的表达在原发性乳腺癌监测应用的前瞻性研究”的最新进展。此研究的整体设计方案共纳入了20名健康人和69名乳腺癌术前患者,并初步建立了CTC的评估模型,通过该模型证实CTC可以间接的反映肿瘤负荷,因此可以作为监测临床瘤负荷的一种辅助手段。此外CTC在动态监测随访阶段的表现另人期待,这也为规划个人基线,个性化订制医疗提供了可能。同样来自中国医学科学院肿瘤医院的齐立强教授则针对“乳腺癌分子遗传咨询:从BRCA到HRD”这一主题为我们进行了详细的阐述。BRCA1/2是我们最熟悉的与遗传性乳腺癌相关的基因,近年来又有学者提出了“BRCAness”的概念,描述的是无BRCA突变,但具有和BRCA突变肿瘤类似表型的HRD,研究结果也表明3.8%的BRCA1/2阴性患者具有其他HRD有害突变。HRD检测可以为肿瘤患者及其亲属提供更全面的遗传风险评估。随后齐主任又通过多个案例生动的为我们阐明了遗传咨询的重要性。随着精准医学产业的飞速发展,我国对遗传咨询的需求也更加迫切,为了给患者制定更科学的个体化精准治疗方案,我们还需要更加努力。优迅医学CTO伍启熹博士压轴出场,为我们带来了“多基因检测辅助乳腺癌精准治疗”的报告,重点分享了CBCPro项目的进展情况,该项目前两阶段的模型建立及回顾性样本模型验证已基本完成,预计于今年10月份启动前瞻性评估。该前瞻项目由中国医科院肿瘤医院牵头,王翔教授为主中心研究负责人,项目拟入组不小于5000例激素受体阳性、淋巴结转移小于3个的早期女性浸润性乳腺癌患者,并对其五年乳腺癌相关疾病复发情况随访,该项目将为完善成熟的中国人多基因预后评估工具,申报试剂盒奠定基础。会议最后,王翔教授主持了CBCPro招募仪式,宣告项目正式启动并开始招募参与单位,希望有更多的医院加入我们,共同建立中国人的乳腺癌基因检测数据库,为中国的乳腺癌患者提供更加科学和精准的治疗。优迅医学持续关注乳腺健康,我们的产品涵盖了从遗传易感性(优逸®)到个体化用药(优替®)再到预后评估(优娐安™、优普利™)的全业务线乳腺癌精准诊疗,其中全景观产品更是迎来了全面升级,除检测基因增加到616个外,还新增了HLA杂合性缺失及肿瘤新生抗原负荷TNB的检测及解读。2019年CSCO大会的精彩还在继续,优迅医学也将持续设计研发新产品,努力贡献自身价值,我们将秉承“基因健康大众,全程助力生命”的愿景,以“做更贴近临床的基因检测服务商”为使命,继续奋斗成长!
24Sep
2019-11
对于NIPT而言,胎儿浓度是十分重要的信息。美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)在2016年更新的NIPS声明中,对胎儿浓度与NIPS(NIPT)检测效力的讨论,建议如下:对于采血孕周符合要求的受检者,如果发生了胎儿浓度低引起的无法报告结论,建议行诊断检测,不宜重新采血。应为严重肥胖者提供NIPS以外的非整倍体筛查方案。NIPS检测报告应包含明确的胎儿浓度信息。检测机构应建立并监控胎儿浓度的分析和临床有效性。在报告NIPS结果时,对于“无结论(no-call)”的原因,应详细说明。NIPT面市多年,对胎儿浓度的研究投入不少,方法也层出不穷,性能上嘛,进展是有,但是与理想依然有距离。2017年,关永涛教授领衔的以贝叶斯算法为核心的NIPT数据分析方法,登陆美国 ACMG 会刊 《Genetics in Medicine》。这一方法建立了基于性染色体信息推断胎儿浓度作为先验,计算贝叶斯因子判定染色体异常,大幅提高检测效率的同时,也留下了一个悬而未决的问题:胎儿浓度的估算对于假定的女胎样本并不是十分理想,这不但限制了NIPT结果准确性的提高,也不便对于性染色体异常情况进行判定。经过近两年的研究,优迅医学对于胎儿浓度计算给出了新的思路和新的方法,同样在《Genetics in Medicine》上刊出。天才想法的诞生——前人的肩膀如此重要的胎儿浓度,如何更精确的定量,科研人员的尝试方向紧追研究与技术发展。1、基于Y染色体的方法• 基于PCR定量   Lo et al. Am. J. Hum. Genet. 1998   Zimmermann et al. Clin. Chem. 2005   Lun et al. Clin. Chem. 2008• 基于高通量测序   Chiu et al. BMJ. 2011   Hudecova, et al. PLoS One. 2014   Xu et al. Genetics in Medicine. 20172、基于cfDNA的特点• 基于cffDNA长度   Chan et al. Clin. Chem. 2004   Yu et al. Proc Natl Acad Sci. 2014• 短片段序列在基因组中不均匀分布   Kim et al. Prenat. Diagn. 2015• 核小体定位+ 游离DNA长度   Straver, R. et al. Prenat. Diagn. 20163、DNA甲基化的特性• 胎盘特异性的DNA甲基化   Chan et al. Clin. Chem. 2006   Nygren et al. Clin. Chem. 2010• 全基因组甲基化   Lun et al. Clin. Chem. 20134、SNP位点的特性• 需要母亲和父亲的基因型   Liao et al. Clin. Chem. 2011   Lo et al. Sci. Transl. Med. 2010• 需要母亲的基因型   Jiang et al. NPJ Genom. Med. 2016• 对选定SNP位点的靶向测序   Zhang et al. Nat Med. 2019市面上方法这么多,英国的一组研究人员(Matthew et al., 2018),对其中一些方法进行了比较发现,基于Y染色体的方法对于男胎胎儿浓度的推断相对准确,女胎浓度的推断,各种方法,都远不及基于Y染色体进行男胎推断那么理想。SNP分析染色体浓度的关键——杂合性要想突破女胎难题,就得告别性染色体的思路,通过常染色体信息进行分析,才有突破的希望,优迅医学同样把关注点放在了SNP遗传特点的分析上。之前的报道,有的需要进行额外的靶向富集,有的需要较高深度的测序,兜兜转转,方法虽然在改进,但是这对于临床上作为筛查的NIPT而言,方法虽可行,但是成本上的增加,成为了向临床转化的阻碍。在保持较低的测序深度的同时,仍然可以准确分析胎儿浓度的方法,才是NIPT需要的好方法。可是低深度测序,真的能测到足够的位点吗?答案自然是够的,在低覆盖度的情况下,依然有相当数量的SNP被超过1条reads所覆盖。这一点可以根据每个位点处的泊松分布来进行简单推断。实际数据中也是一样的:上表是利用千人基因组项目(1000 genomes project)的数据模拟在不同深度情况下,对SNP覆盖情况的统计。表† 是千人基因组的统计,表‡ 是少数基因频率大于0.01同时出现在1000G和gnomAD中的SNP计数。根据上表,即使在0.2x的情况下,也有1M以上的SNP被两条以上reads覆盖,对于这些SNP位点,我们就能定义杂合性了。SNP的杂合性为什么能推断胎儿浓度呢,我们做一个天真的假设,假设一个理想的情况,某个SNP位点上基因频率符合哈代温伯格定律,所有的测序都没有错误,那么对于任意一个,有AB两种碱基可能性的位点呢,如果A基因的概率是p,B基因出现的概率就(1-p),那么我们可以把这个位点基因类型的联合概率分布推算出来假设胎儿浓度是h,就能写出来每种情况下,测到1个A的概率。如果我们简单的只考虑覆盖到2reads的SNP位点的情况,每个位点有AA,AB,BB三种情况,这三种情况发生的概率可以通过上面的表格推算出来就是下面如果我们假设p是标准随机分布的话,对于刚好测到杂合AB的这个情形,它的概率就可以计算成一个只跟h相关的函数:1/6(1+h-h²),这件事情太美好了,说明能算出来啊。从naive 到 full但是naive 模型说明了,这个思路走的通,所以我们把刚才过于理想的地方都修整修整。母亲的近交系数F1加上,胎儿的近交系数F2加上,测序错误e也加上:欲知详情,请看文献https://www.nature.com/articles/s41436-019-0636-5(长按二维码获取全文)检验性能的时刻到了!根据Matthew et al., 2018中所言,对于男胎,通过Y染色体定量是相对准确的,但是女胎样本的各种方法,都不太令人满意,因此最好的检验方式就是,用男胎性染色体定量方法做比较了。既然对于男胎胎儿我们可以通过Y染色体实现准确的FF定量,那么我们不妨将我们的新方法与之比一比。图中是我们回顾了69个真实的男胎临床样本得到的数据,两个数据结果一致性非常棒了,R²= 0.971。偏离的两个小星星可不是我们的结果不好,反而是结果不要太好,发现了两个龙凤胎!(胎儿总浓度是男胎浓度的两倍)准确推断胎儿浓度,结合优迅医学之前建立的贝叶斯方法(Xu et al., 2017)相比较通常使用的Z-score方法,检测效力(power)有效提高,常染色体准确定量胎儿浓度的方法,给贝叶斯因子的计算提供了可靠的先验。而贝叶斯方法,允许我们将个体化的先验信息例如孕妇年龄等情况引入对结果的判断,避免了采用基于正态分布的常规方法(z-score)在cut-off附近与实际情况拟合度不佳,对准确性的影响。总结:准确定量胎儿浓度对NIPT有三好结合优迅医学的贝叶斯算法,NIPT结果更准;准确定量胎儿浓度,可以报告浓度过低“no call”而不是报出检测效力不足的结果,避免可能的假阴性;不依赖性染色体定量胎儿浓度,可以更准确的检出性染色体的异常。参考文献Dang M, Xu H, Zhang J, Wang W, Bai L, Fang N, et al. Inferring fetal fractions from read heterozygosity empowers the noninvasive prenatal screening. Genet Med. published online, doi: 10.1038/s41436-019-0636-5Hestand, Matthew S., et al. Fetal fraction evaluation in non-invasive prenatal screening (NIPS). European Journal of Human Genetics 27.2 (2019): 198-202Xu H, Wang S, Ma LL, Huang S, Liang L, Liu Q, et al. Informative priors on fetal fraction increase power of the noninvasivwe prenatal screen. Genet Med. 2018;20:817–824
06Sep
2019-11
1. 未来科技飞入寻常百姓家  【基因慧】王教授,您作为乳腺癌临床外科专家,是从什么时候开始接触基因技术呢?对您所在的领域有什么样的具体帮助呢?【王昕】我在大学期间学习分子生物学课程,从那个时候开始逐渐接触PCR、测序等基因技术。当时,我对于基因检测还是非常陌生,觉得特别遥不可及,感觉像是电影里的未来科技。你知道,我主要从事乳腺癌相关的研究。随着测序技术逐渐普及和成熟,在后来的工作中,很多病例用到基因检测,包括早期的诊断、干预指导以及预后检测等等,特别是随着70 Gene等Panel的引进、相关乳腺癌伴随诊断试剂的获批等,很多病人也认识到基因检测的益处,会主动提出基因检测。临床会诊中也经常用到。看到之前认为的未来科技“飞入寻常百姓家”,作为医生也特别高兴,因为临床多了工具和新的思路。 2. 做中国人的乳腺癌基因表达模型  【基因慧】基因检测技术帮助医生精准诊断和精准治疗,造福患者。您能举出一些实际例子吗?【王昕】比如我们大家非常熟悉的BRCA基因检测,也就是俗称的遗传性乳腺癌基因检测已经从几年前的尝试变成了广泛应用于临床,尤其是对于年轻、有家族史、三阴性乳腺癌的患者来说临床价值很高。几年前轰动世界的女演员安吉丽娜.朱莉,基于该检测结果预防性切除乳腺和卵巢的事件仍历历在目,尽管目前对于中国人群的BRCA突变检测标准、相关性、铂类化疗药物的使用以及预防性手术切除仍存在一些争议,但不可否认其在乳腺癌的诊治中必将发挥重要的作用。另外一个值得关注的是,激素受体阳性早期乳腺癌的多基因检测对于预测预后及化疗疗效,更重要的是避免不必要的化疗方面目前应用也有很好的前景。【基因慧】我们得知您在建立中国人群乳腺癌基因表达谱的复发风险模型,可以介绍下当时这项工作的背景和初心吗,未来可以解决什么问题呢?【王昕】正如刚刚提到的激素受体阳性早期乳腺癌的多基因检测对于辅助治疗的影响很大,早在2008年美国的NCCN指南就把21基因检测纳入了对于低风险患者可以避免化疗的判断方法,后续欧洲又出现了70基因模型同样是用于早期乳腺癌是否可以规避化疗的判断。但这些多基因检测的工具在中国的使用一直存在很多问题。21基因尚未引入中国,尽管他们公布了21个基因以及简单的算法,但核心算法仍是保密的。国内很多基因公司纷纷效仿,但检测结果差异很大,临床可信性不高。70基因尽管近期引入了国内,但我们最担心的是中国和欧美人群在基因表达层面的差异可能会导致检测结果应用于临床时会有所顾虑。所以早在几年前我就萌生了做一个基于中国人群的乳腺癌多基因复发风险模型,一方面用国人自己的数据更加的符合中国国情,另一方面也希望能够打破欧美国家的价格垄断,让更多的乳腺癌患者获益。去年开始,我们跟北京优迅医学合作,基于国家癌症中心以及几家大型的省级肿瘤医院的近10年早期乳腺癌样本进行回顾性检测,并联合美国DUKE大学的生物统计教授进行模型的建立和检测。目前初步结果还不错,刚刚被全球最大规模的乳腺癌大会接收展示。【基因慧】目前临床基因检测强调产学研结合,在这项工作,作为临床专家、科研及产业工作者之间是如何合作和分工呢?【王昕】其实我们这个预测模型的诞生就是个很好的范本,临床医生发现临床实践中存在的问题,提出研究方案并提供检测样本,产业工作者进行样本的检测和产品开发,科研工作者进行模型建立验证等工作。 3.  基因检测是精准医学不可或缺的部分  【基因慧】从您的角度,对于目前临床基因检测的成熟度怎么看呢?如果把肿瘤基因检测形成临床常规,还需要哪些工作需要推进?【王昕】目前的医学正在逐渐走向精准和个体化,基因检测则是这条道路上不可或缺的一部分。拿肿瘤来说,不同癌种的检测进度不同,比如肺癌的EGFR检测、比如乳腺癌的FISH检测都已经非常成熟,并且有特异性的靶向治疗效果特别好。而对于某些癌种,基因检测仍处于探索阶段,需要经历时间、实践的多重考验才能成为临床常规检测。【基因慧】除了在肿瘤辅助诊断上,您认为基因检测在临床肿瘤用药、治疗有哪些可能的方向和期待?【王昕】刚刚提到的几个成熟的基因检测产品已经对于指导临床肿瘤用药、治疗等方面起着非常重要的作用。未来我相信会有更多的基因靶点被发现并投入临床实践,比如生物免疫治疗、内分泌治疗等等。【基因慧】9月是丰收的季节,请您对基因慧读者,特别是基因行业从业者来分享一段寄语。【王昕】金秋是收获的季节,我们的CBCPro项目在9月19日跟华为最新手机产品同步发布,希望未来有更多的中国好基因产品唱响国际舞台,为中国乃至全世界的肿瘤患者带来福音和希望。王昕 教授中国医学科学院肿瘤医院乳腺外科副主任医师研究生导师 北京市青联委员北京乳腺病防治学会青委会侯任主任委员北京肿瘤学会乳腺外科专委会常委、副秘书长中国研究型医院学会乳腺疾病专业委员会常委中国医药教育学会乳腺疾病专业委员会常委中国妇幼保健协会青年委员会常委、副秘书长中国临床肿瘤学会CSCO乳腺癌专业委员会委员中国抗癌协会乳腺癌专业委员会青年委员中国医师协会乳腺医师专业委员会青年委员中华医学会肿瘤分会乳腺学组青年委员北京抗癌协会青年理事会理事中华医学会杂志社Journal of BioX Research等杂志编委中华肿瘤防治杂志、中华乳腺病杂志青年编委北京协和医学院临床医学八年制博士毕业,曾赴美国MD安德森肿瘤中心乳腺外科及整形外科研修,主持包括国家自然科学基金在内的科研课题多项、以第一或通讯作者发表SCI等论文十余篇,拥有发明专利3项,主编及参编学术著作多本,参与制定CSCO乳腺癌指南、中国抗癌协会乳房保乳及重建专家共识,作为主要完成人获北京市科技进步奖、华夏医学奖等,入选北京科协青年托举计划、北京市优秀人才青年骨干计划等,曾获中华医学会“中华肿瘤明日名医奖”及CSCO“35岁以下优秀肿瘤青年医师奖”,擅长以外科为主的良恶性肿瘤的综合治疗,尤其是乳腺癌全乳切除后即刻再造、早期乳腺癌保留乳房手术后联合术中放射治疗等。附:2019 CSCO 优迅医学卫星会2019 CSCO-优迅医学卫星会议程CBCPro 正在招募
24Sep
2019-11
今年7月,优迅医学CSO关永涛团队关于NIPT新算法的最新成果《Inferring fetal fractions from read heterozygosity empowers the noninvasive prenatal screen》发表于美国ACMG会刊《Genetics in Medicine》,这是关教授团队继2017年后,就NIPT算法创新所发表的第二篇重磅学术文章。该方法解决了当前行业领域中不能准确推断胎儿浓度的重大技术难题,这一成果结合优迅医学独家的贝叶斯算法,为无创微缺失微重复综合征的检测提供了更为可靠的技术保证。自2019年9月份起,优迅医学成为国内首家在NIPT PLUS报告中明确给出胎儿浓度信息的检测机构,完成了优迅志在打造业内最强NIPT PLUS的最后一块拼图。优迅医学进入NIPT市场以来,依靠极强的渠道优势在快速占领市场份额方面进展显著,但优迅的技术团队显然有着更大的野心和前瞻的眼光。几年来,从NIPT到NIPT PLUS再到无创单病,从贝叶斯理论、隐马尔科夫模型到常染色体胎儿浓度定量方法,从北京市自然科学基金到科技部十三五重大专项再到TriMax全国多中心临床试验,优迅医学完成了从NIPT技术并驱者、市场跟随者,到NIPT PLUS技术领先者、市场开拓者的重大角色转换,而美国杜克大学关永涛教授的加入,更是在生信算法领域行业高地插上了优迅医学的一面大旗。NIPT能成为基因行业第一个产业化落地的产品,并于近几年在全球范围迅速普及,有机缘,有巧合;有需求,有成果;有调整,有突破。今天,就让我们以此为引,翻看NIPT从业者们之前走过的路,跌过的坑,直到最强PLUS的诞生。一直苦苦寻找的,就这样不经意的出现别看现在基因检测看似临床普及,大众熟悉,但如果拿通信行业进行类比,现在顶多算2G时代,基因检测还有很大的空间,很长的路要走。NIPT上市以前,基因行业所处的就是1G时代,其作为绝对的高冷技术主要还是为国内各大高校和科研院所提供测序及分析服务,特别是随着NGS成本的快速下降,使得基因测序越来越触手可及,以基因测序为亮点的高质量文章大量涌现,当时华大发过CNS的员工据粗略统计就有数十人之多,基因测序一时风头无两。但作为一个产业来讲,科技服务有它的发展瓶颈,就是市场容量和服务对象相对固定。正因如此,实际上那时的基因er就已经开始在寻找更大的市场,并很快把目光放到了临床领域,毕竟基因行业发展追踪溯源,就是源自为解决大众健康问题的,与曼哈顿原子弹计划和阿波罗登月计划并称为20世纪人类自然科学三大工程的人类基因组计划。NIPT就等在那里,而且一切都是对的NIPT就这样进入了视野。另一方面,我国出生缺陷发生率5.6%,每年由于出生缺陷造成的社会经济负担超百亿元。临床上也一直在寻找一种既安全又准确的方法,帮助孕妇在产前判断胎儿是否携带染色体疾病。自1997年开始Dennis Lo等研究者陆续发表的文章提供了无创产前胎儿染色体异常检测的科学依据,但使用什么手段呢,研究者们最初尝试用数字PCR方法检测,可惜准确性不行,而当那些做NGS的家伙们关注到这里后,直接大喊一声:我行!究竟是什么能让素来见多识广沉稳有度的科学家前辈能如此脱口而出?因为他站在前面研究者的肩膀上一看,心中顿时喷薄出两个字:完美。原来在仔细研究了母体外周血后发现其有如下特性:1)孕妇外周血中存在胎儿的游离DNA,含量是胎儿细胞DNA含量的近千倍;2)这些游离DNA在孕5周即可检出,并随孕周的增加而增加;3)胎儿游离DNA片段长度与母亲DNA片段长度有差异;4)胎儿游离DNA片段平均大小约为160bp;5)胎儿游离DNA在分娩后迅速消失,2个小时后无法检出。这些特性保证了使用NGS测序平台,在孕12周起(基于孕妇个体差异的保守考量),仅通过对孕妇外周血测序,得到胎儿染色体的信息数据,就能够判断是否为唐氏儿。特别是测序数据的分析方法Z-score简单易行,并不要复杂的统计模型。正是有了卢教授等前辈的突破性发现、胎儿游离DNA特性、临床痛点以及入门级的统计算法加持,才有了NIPT第一个基因组科技临床产品的快速落地及普及。当然,前面的因素形成了一个行业风口,而从业者的努力更是NIPT产业快速发展的基石。近几年肉眼可见的变化是,医生从排斥到接受再到力荐,孕妇从谨遵医嘱到主动咨询,临床上基于国人数据的大规模临床试验从无到有,国家政策从不禁不荐到叫停整顿再到试点运营直至全面放开,NIPT产品从擦边球式操作发展到已有部分地区政府定价、纳入医保甚至政府采购全民免费。那新的问题来了,对于这样一个爆款,从业者的下一步该往哪走?如何修建自己的技术护城河?如何站在卢教授等巨人的肩膀上再求更高突破?这就是优迅人近年来日以继夜要探寻的答案。激烈竞争之下看优迅的选择对于优迅来说,在前期借渠道之力迅速占领市场后,面临一个重要选择,是创新开发下一个爆款?还是研发爆款的延伸性产品?优迅说:小孩子才做选择,我两个都要。优迅从成立第一天起,就确定了出生缺陷和肿瘤精准医疗双产业主线并行推进的发展方针。肿瘤方向要搞,必争之地,前期重积累储备,单拉队伍潜心做产品做项目,ctDNA&CTC液态活检、泛肿瘤早筛和国人乳腺癌复发风险评估的临床多中心项目三箭齐发;生育方向要搞,规模化是关键,重技术创新突破,做优迅特色的NIPT,是优迅技术团队的使命。接下来的问题,如何有特色,如何突破,很简单,传统NIPT的局限性在哪里,就往哪里发力攻关。对于NIPT的创新,优迅主要瞄准两个方面:核心算法的突破与检测范围的扩展。NIPT-ZSCORE方法的灰区尴尬NIPT够准了吗,相比唐筛,已经有了革命性的进步,但这还不够。这里再次提到Z-score的算法,本身存在一个明显的BUG——灰区尴尬。Z检验让每个人套进一个模型中,算法和依据算法设定的阈值都是死死的,比如这个阈值是3,如果结果小于3,就是低危,出低风险报告;结果大于3,就是高危,出高风险报告并建议去做羊穿。但如果是2.9或者3.1呢,数据一旦落在阈值附近这一灰区时,实际判读一直让人很头疼:2.9与3.1真的是有着天壤之别么?阈值3是一个统计结果,这是一个概率问题,也是各家的经验值,并不足以判定胎儿染色体情况。这里另说一句,当数据结果落入灰区,当下为了解决这个问题,大多数检测机构的做法是,重新单独分析这个样本,如果还是落入灰区,就只能采用间接的方法——拿不准了就报阳性。这种规避假阴性样本产生的做法导致了假阳性率的上升。必须说明的是,这并非是不负责任的鲁莽行为,因为相较生下唐氏儿而言,报阳性而建议孕妇做产前诊断挨一针,是当时技术条件下最好的方式,当然,某种程度也是无奈之举,并且羊穿的费用也由检测公司支付。退一步说,算上由于灰区问题导致的假阳性情况,NIPT的准确率还是远远高于普通唐筛的。现在,摆在从业者面前的技术难题已很清楚,如何避免灰区尴尬?这已经不是方法优化的问题,而必须从底层算法上引入新的思路、设计新的统计模型来解决。就这样,优迅开始了连续奋战;就这样,优迅找到了贝叶斯因子。贝叶斯因子,告别头疼的灰区,特别的结果给特别的你 优迅2017年发表的文章《Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen》显示,优迅自主研发了基于贝叶斯统计学原理的NIPT算法。此模型引入胎儿浓度和疾病发病率等先验知识,通过贝叶斯理论计算后验概率,从而构建出贝叶斯因子(贝叶斯因子是用来描述一个分布优于另一个分布的相对确证性)。将贝叶斯因子引入到NIPT模型,实在是关永涛教授匠心独运的绝妙一笔,再加上同步引入的隐马尔科夫模型,能够有效剔除母体CNV(copy number variance)的背景干扰,以及通过行之有效的smooth GC矫正方法来降低干扰误差,使优迅的NIPT检测效力大增,PPV\NPV数据均处于行业领先水平(下图显示贝叶斯理论在PPV/NPV性能上远优于Z检验,详细报导见之前文章解析。)。女胎胎儿浓度定量的困扰在算法上取得创新性突破之后,优迅紧接着开始了NIPT PLUS的产品研发,旨在拓展NIPT的临床适用范围,以进一步满足正在快速增长的无创出生缺陷检测服务升级需求。NIPT产品虽然已经得到了临床和客户的认可,奈何检测范围极其有限,仅针对三大染色体非整倍性异常进行检测。实际上,其他染色体以及其他变异类型导致的疾病同样或许更值得我们关注。针对这一需求,从技术上讲,优迅已经将现有贝叶斯分析方法检测的效力显著提升,但是对于NIPT PLUS而言,还需要一个十分重要的数据参数——胎儿浓度。胎儿浓度是十分重要的信息。美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)在2016年更新的NIPT声明中,对胎儿浓度与NIPT检测效力进行了专门阐述,建议NIPT检测报告应包含明确的胎儿浓度信息。但是,对于胎儿浓度的准确定量一直是行业技术难题。这其中,男胎的胎儿浓度可以利用Y染色体进行分析得到,但是女胎的胎儿浓度定量却没有行之有效的办法。基于低深度测序的SNP杂合性分析推断胎儿浓度模型要想突破女胎难题,就必须告别性染色体的思路,通过常染色体信息进行分析,才有突破的希望。优迅医学正是基于这一技术决心,把关注重点放在了SNP遗传特点的分析上。此前业内的研究成果中,有的需要进行额外的靶向富集,有的需要较高深度的测序,对于临床上作为筛查手段的NIPT PLUS而言,仅理论可行,成本增加问题突出,是实现临床产业转化的重大阻碍。所以,结论就是,在保持较低测序深度的同时,仍然可以准确分析胎儿浓度的方法,才是NIPT PLUS真正需要的好方法、产业转化可行的方法。可是低深度测序,真的能测到足够位点吗?优迅给出了肯定答案(预知详情,可以移步最新文章解析)。就这样,优迅构建出了一个根据SNP的杂合性推断胎儿浓度的分析模型。检验性能的时刻到了!如前所述,对于男胎,通过Y染色体定量相对准确,因此最好的检验方式就是用男胎性染色体定量方法做比较。图中是我们回顾了69个真实的男胎临床样本得到的数据,两个数据结果一致性非常棒,R2 = 0.971。偏离的两个小星星可不是我们的结果不好,反而是结果不要太好,发现了两个龙凤胎!(胎儿浓度是男胎的两倍)。就这样,优迅解决了胎儿浓度定量这一难题。该成果已经申报了多项国内国际专利。有了核心算法的加持,优迅迅速推出了业内最强的NIPT PLUS,能够检测16个染色体非整倍性异常、115种染色体微缺失微重复综合征以及295个智力障碍相关区域,并国内独家在报告中加入胎儿浓度信息。激烈拼杀中的市场策略——左手成本、右手转化NIPT发展到现阶段,成本已经是最大的行业壁垒,谁能将成本压低,谁就有竞争优势,而NIPT成本的控制与优化,不仅体现在科技研发水平上,更需要一定时间的基础性积累。今年年初,华大基因与优迅医学达成深度合作并完成战略入资。二季度,优迅完成了所有产线华大测序平台的转产工作,成为全球除华大之外,唯一全产线使用华大测序平台的基因公司,测序仪器及试剂的国产化再加上创新算法所带来的低深度高质量数据成本,确保了优迅在市场渠道拓展上始终具有自身独特优势,尤其是中美战略博弈大背景下,相较众多依赖于美国测序仪和试剂的其他公司,具有更大的底层成本优势与从根本上讲无忧无隐患、自主可控的可持续发展基础。在市场布局上,优迅在巩固原有优势区域的基础上用NIPT主打二三级市场,寻觅机会做渠道下沉;而对于竞品激烈同时升级需求强劲的重点目标医院,则以NIPT PLUS做业务切割,依靠产品力进行强势渗透,实现业务转化。目前优迅医学整体业务NIPT PLUS转化率已经超过30%,独占行业鳌头,相信随着临床的逐步布局推进和延展,以及需求的逐步启发、引导和扩大,优迅基于全新算法的NIPT PLUS一定会引领行业的新一轮变革。后记本文结束前,特别想补充的一点是,看似泾渭分明的肿瘤和生育在临床上却有着神奇的共通之处,因为对于人体来说,不管是母体的胎儿和人体的肿瘤,都可看做是人体外来的“异物”,而临床上大都是针对“异物”的游离DNA进行检测,在检测方法和后续信息分析方面,很多技术是相通的,这也为两条线研发上未来的互通互助互用带来了可能。纵观科技发展史,很多时候,科学上的闪光点恰恰来自此类“跨界”创新思维。与早期单纯NIPT业务渠道型公司不同,优迅有着全面的中长期发展战略规划,包括肿瘤线的发展和布局在公司成立之初已经开始,从平台搭建、产品研发、生产转产到市场推广,从团队组建到社会资源横纵联合,都在计划周期内,都在自己的节奏中。优迅通过短短几年的发展,在两条线都已经形成了自己的差异化发展方向和产品优势,NIPT的贝叶斯统计模型和女胎定量方法,更是为优迅贴上了算法领先的标签,得到了专家的高度认可和同行的纷纷效仿;而肿瘤的国人乳腺癌复发风险评估和泛肿瘤早筛的临床项目,则为肿瘤线明确了未来着力的方向,展现出广阔的发展前景。相信优迅作为成立伊始就秉持“更贴近临床”理念的从业者,最终会跨越巨人的肩膀,继续砥砺前行。
06Sep
2019-11
“产检”,是每位孕妈妈及其家庭都不能忽视的两个字。从孕期疾病预防到健康管理,从遗传病筛查到三级防控,科学技术的发展正以前所未有的宽度和广度影响着我们的生活,呵护着我们的健康。但临床可选的方案越来越多,相关的疑惑也随之增加。恰逢第四届中国母胎医学大会,我们邀请到优迅医学首席科学官(CSO)关永涛教授,针对近年来广受临床与大众关注的NIPS(Non-invasive Prenatal Screening)与我们一道聊聊其中的小玄机。【专家简介】关永涛,优迅医学首席科学官(CSO),美国杜克大学教授,美国爱达荷大学数学系博士,统计遗传学家,十年以上生物信息分析及遗传统计学学习及工作经历。主要研究方向为通过统计学和算法的开发分析基因组学大数据。关教授领导其团队曾参与结构化的单倍型变异的模型、设计DNA测序分析计算工具、贝叶斯方法和它在遗传关联分析及haplotype变异的统计模型等重大项目。其带领研发团队自主研发的基于贝叶斯理论的NIPS新算法,发表于《Genetics in Medicine》,是近年来唯一NIPS方法学的重大革新类文章。4月11日,关永涛教授参加第四届中国母胎医学大会并作报告妇产科在线:纵观整个市场,业务涉及到NIPS的公司比比皆是,请问关老师,您认为NIPS与其他的产前筛查方式相比有什么区别?为什么会有如此高的热度呢?关永涛教授:染色体遗传病是导致新生儿出生缺陷的重要因素,在NIPS上市前,如果在产检中发现胎儿颈部透明带(NT)和唐氏筛查这两项检查出现异常,需要进一步做羊水穿刺进行确诊。羊穿本身带有一定风险性,可能引起孕妇宫内感染导致流产。相较之下,NIPS仅需要采取孕妇静脉血,通过DNA测序和生物信息分析,便可得到胎儿的遗传信息,规避了风险。如果胎儿NT和唐筛的结果是高危,我建议孕妇先做NIPS,因为前两者的统计功效远不如NIPS。如果NIPS也是高危,再做羊水穿刺。应该说,NIPS已经完美融入了当前的产检临床体系,同时具有无创、精准、安全、快速等优点,已经得到临床和大众的充分认可。 妇产科在线:在您的报告中我们看到您一直称NIPS,与我们所习惯的NIPT有所区别,您为什么会习惯这样称这项技术呢?关永涛教授:我们都知道NIPT是指 Non-invasive Prenatal Testing,无创产前检测;而NIPS是 Non-invasive Prenatal Screening,无创产前筛查。在这里我是想强调screening,也就是筛查。筛查不是也不能取代检测。检测,比如羊穿取了胎儿DNA跑芯片,直接检测胎儿DNA,最准;但取胎儿DNA是侵入性的。NIPS从孕妇外周血里提取的游离DNA多数来自母体,少数来自胎儿,来自胎儿的占比叫胎儿浓度。胎儿浓度过低时,NIPS的统计功效减弱。我们的数据显示有2-5%的孕妇胎儿浓度偏低或过低。胎儿浓度低就容易产生假阴和假阳。所以孕妇在收到阳性筛查结果后,必须要经过检测核实和遗传咨询才能决定是否终止妊娠。不能依据NIPS的筛查结果直接终止妊娠。 妇产科在线:前面您一直提到胎儿浓度,它对NIPS检测来说有什么重要的意义吗?关永涛教授:胎儿浓度是指孕妇血液中胎儿的游离DNA的占比。NIPS的每个样品都是孕妇和胎儿游离DNA的混合物,准确定量胎儿浓度可以从三个方面提升NIPS的检测效能。首先当胎儿浓度极小的时候,可以报告无结论(no-call),直接建议患者去进行产前诊断,从而降低假阳性几率。第二点是准确定量胎儿浓度可以使诸如克氏综合征、特纳综合征,和XYY综合征等性染色体非整倍性疾病更容易被检出。第三,胎儿浓度加入贝叶斯模型后将大大提升NIPS效能。常规的Z检验只能推断染色体含量与零假设的差异,而引入胎儿浓度,我们能得到“准确”的备择假设。换言之,对于假定的三体,或者微缺失、微重复,我们知道染色体剂量的期望值,可以更准确的判别胎儿DNA是否异常。所以说准确估算胎儿浓度对NIPS检测来说是非常必要的。实际上,美国ACMG建议胎儿浓度在筛查报告上要清晰可见。北京优迅医学检验实验室有限公司妇产科在线:据我们所知,一些孕妇在进行NIPS检测时会由于没有获得结论而被医生要求再次取血,您如何看待这种做法呢?关永涛教授:显示无结论的时候,最好先分析一下是什么原因导致的。基于目前的数据我认为,如果“无结论”是由于胎儿浓度过低造成的话,不建议孕妇在短期内进行二次抽血重检。现在行业上普遍会要求孕妇进行二次取血重检,但这忽略了胎儿浓度的一个变化规律:在孕20周前,胎儿浓度每周增加一般不超过千分之一,隔周重复采血不会有很大差异。当然,如果是由于试剂问题、样本溶血或其他非检测因素影响导致的胎儿浓度低的话,隔周二次采血重做是没有问题的。 妇产科在线:在您的报告中展示了优迅公司许多近期的成果,那么这些成果对临床有哪些提示呢?或者说您对临床医生有什么建议吗?关永涛教授:首先我们希望临床医生可以意识到,准确知晓胎儿浓度是非常重要的,可以帮助他们进行临床判断。胎儿浓度高,PPV(阳性预测值)和NPV(阴性预测值)都会高,筛查结果更可信。第二就是我刚才提到过的,NIPS是一种筛查,临床医生和孕妇应该接受假阴性和假阳性都是不可避免的。选择测序深度高的产品是降低假阴假阳的关键。第三个我重申测度深度越高,筛查的准确性就越高。所以我们建议孕妇去做NIPS Plus,因为它的测序深度要比NIPS高很多。另外我们希望孕妇和临床医生接受“no-call”这种合理的结果。对于由于胎儿浓度过低导致的“no-call”,应该建议孕妇去做羊穿,因为研究发现胎儿浓度过低往往伴随着更高的染色体三体的风险。 妇产科在线:上面我们与关老师聊了很多关于NIPS的话题,也听您提到了NIPS Plus。优迅医学去年推出的优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测一经上市便引起了众多关注,它与市面上其他的NIPS产品相比,有哪些独特之处呢?关永涛教授:虽说NIPS已经是一个相对比较成熟的技术了,但是优迅一直以来仍很重视NIPS的研发工作。2016年,我们参加了科技部“十三五”出生缺陷相关的重点研发计划,在那之后不断努力提升产品,直到去年优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测上市。相较于其他产品,NIPS Plus在算法和检测范围上都有所升级。现在的NIPS产品普遍都采用主流的Z检验方法,检测结果会有灰区尴尬。2017年,我们提出了一种通过性染色体作为胎儿DNA浓度先验计算贝叶斯因子的方法,显著的提高了NIPS算法水平。经过两年的研发,我们开发了一种通过常染色体数据直接定量胎儿浓度的方法,突破了单个女胎样本的胎儿浓度无法用性染色体得到的局限。知道胎儿浓度可以大幅度地提高NIPS Plus的统计功效,极大降低假阴假阳。除此之外,在检测范围、测序深度等方面,NIPS Plus也有所提升,是目前最全面的NIPS微缺失/微重复筛查产品。特别值得一提的是,NIPS Plus是目前国内产前筛查领域中第一个重点关注胎儿智力障碍相关区域的检测。优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测产品妇产科在线:从您的介绍来看,优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测可以准确检测小片段的染色体异常疾病,这算是一个比较亮眼的突破。最后问一个孕妈妈会比较关注的问题吧,如果经过NIPS Plus检测发现结果呈阳性,一般我们会建议她们怎么做呢? 关永涛教授:如果检测结果呈阳性的话,我们建议孕妇一定去做羊穿进行验证,不能不做验证直接终止妊娠。我在这里再次强力推荐我们公司的NIPS Plus,因为测序深度高,又有辅助白细胞测序帮助胎儿浓度定量,对于染色体三倍体,NIPS Plus的统计功效比NIPS要高出很多,同时又能检出更多的智力障碍相关的微缺微重。这个其实之前我们公司是有一些相关案例的。比如说去年7月,我们的优馨安®NIPS Plus检出了一位孕妇怀有的胎儿在智力缺陷相关区域中存在高风险,也就是说胎儿出生后会有智力障碍,后来通过临床羊水芯片验证,证实我们的筛查正确。孕妇在医生的建议下选择了引产。可以设想,如果当时这个孕妇只是选择了普通的NIPS而不是NIPS Plus,那么这个宝宝的出生会给社会和家庭带来巨大的困扰及伤痛。通过与关老师的交流让我们对胎儿浓度和NIPS有了更加深入的了解,再次感谢您接受我们的专访,也祝愿优迅在未来可以带来更多更好的产品!
17Apr
2019-11
近年来,越来越多的抗癌药物被发现还具有其他功能。例如,CDK4/6抑制剂和某些化疗药物不仅会阻碍癌细胞的内部活动,还会使它们成为免疫系统攻击的目标。近日,哈佛医学院丹娜法伯癌症研究所的科学家在《癌症发现》杂志上发表的一项新研究,“解锁”了另一类药物PARP抑制剂的这一“隐藏技能”。与其他靶向药物类似,PARP抑制剂可以阻碍癌细胞特定的生命进程。更确切的说,是通过修复特定类型DNA损伤的途径。例如,由于BRCA基因的突变,癌细胞已经存在DNA修复问题,这时再失去第二种修复途径(PARP基因),对癌细胞来说就是毁灭性的打击。2014年,奥拉帕利成为第一个获得美国FDA批准的PARP抑制剂,用于治疗携带BRCA突变的晚期卵巢癌患者;2018年又被批准用于遗传性BRCA突变的转移性乳腺癌。2018年,该药已正式获批在国内上市。PARP抑制剂:抗癌作用“双管齐下”丹娜法伯癌症研究所的这项新研究发现,三阴性乳腺癌患者使用PARP抑制剂奥拉帕利(利普卓)进行治疗,可吸引大量的免疫CD8+ T细胞聚集在肿瘤内,并与癌细胞进行斗争。研究人员追踪了癌细胞和周围组织内引发攻击的一系列事件。“PARP抑制剂的抗癌作用是双管齐下的。”丹娜法伯早期药物开发中心的主任Geoffrey Shapiro说,“DNA修复途径的缺失削弱了癌细胞的内在功能,同时也使它们暴露在强大的免疫反应之下。”这项新研究把重点放到了三阴性乳腺癌上。三阴性乳腺癌因雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、人表皮生长因子受体2(HER-2)均为阴性而得名,约占所有乳腺癌病例的10-20%,且在年轻患者中更常见。这种乳腺癌被称为“最凶险的乳腺癌”,其侵袭性强,早期复发率高,内脏转移率高,预后往往较差。携带BRCA突变的三阴性乳腺癌患者(约占20%)通常对PARP抑制剂的反应比标准化疗更好,但最终会对药物产生耐药性,并复发。研究人员发现,在含有BRCA和TP53变异基因的三阴性乳腺癌动物模型中,奥拉帕利的治疗促使CD8+ T细胞(癌细胞的杀手)渗透到肿瘤组织中。当CD8+ T细胞的数量大量减少时,抗癌效果也随之下降。这证明了奥拉帕利治疗癌症的成功与否,很大程度上取决于它引发免疫反应的能力。奥拉帕利是如何达到这种效果的呢?一种可能性是,由于奥拉帕利的介入,肿瘤细胞的DNA修复机制逐渐崩溃,这将导致更多的基因突变,并将更多与癌症相关的蛋白质(新抗原)提上表面。这反过来又会引起免疫反应。据丹娜法伯癌症研究所Constantia Pantelidou博士的说法,另一种可能性是,细胞内DNA损伤的积累激活了cGAS/STING通路,这导致细胞释放促炎细胞因子(一种免疫信号分子),进而激活了树突状细胞。最终,免疫系统将T细胞引到肿瘤部位。虽然对奥拉帕利如何达到这种效果尚未明确,但研究人员表示,既然PARP抑制剂的作用有一部分是通过触发免疫反应,因此将它们与免疫检查点抑制剂类药物结合使用,可能会更加有效。目前,这一结论正在研究中。
05Aug
2019-11
除了维生素和矿物质外,富含Ω-3脂肪酸的鱼油也是人们使用最广泛的补充剂,大约10%的美国人都会服用此类补充剂;当研究人员进行综述分析时他们发现,Ω-3脂肪酸或许并不能为患心脏病的人群提供健康效益,这或许并不像此前研究人员认为的那样。研究者指出,Ω-3脂肪酸是人类机体无法制造的脂肪酸,除了能有效促进机体健康之外,我们还需要从饮食中获取这类脂肪酸。图片来源:medicalxpress.comΩ-3脂肪酸的主要类型:1)多脂鱼和某些贝类中的二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸(DHA);2)蔬菜油、坚果(尤其是核桃)、亚麻和某些绿叶蔬菜中的α-亚麻酸(ALA)。Ω-3脂肪酸能够帮助降低机体炎症,炎症是一种引发动脉阻塞斑块和自身免疫性疾病(风湿性关节炎)的重要因子,有研究证据表明,Ω-3脂肪酸能够适度缓解风湿性关节炎患者机体的疾病症状。同时Ω-3脂肪酸还能稀释血液降低危险血块产生的风险,但这也意味着,血管在一次切伤之后可能需要更长的时间血液才能凝固,如果同时服用血液稀释剂或非甾体类抗炎药物时对于个体而言非常危险,因为非甾体类抗炎药会导致溃疡性出血;因此,如果你正在考虑服用Ω-3脂肪酸补充剂时,需要向临床医生请教可能发生的药物相互作用。研究者表示,鱼油对心脏健康几乎并没有好处,我们需要知道的是,大部分的研究都使用的是Ω-3脂肪酸补充剂,而并非富含这些脂肪酸的天然食物。根据有限的研究结果来看,摄入天然富含Ω-3脂肪酸的食物似乎比摄入补充剂要好,而且我们还能从食物中获取其它营养物质。因此,每周吃两次三文鱼、金枪鱼或鳟鱼等富含脂肪的鱼类,或将螃蟹、贻贝和牡蛎等列入菜单,同时抓一把核桃作为美味的零食,这或许是或许有益Ω-3脂肪酸的最佳选择。
05Aug
2019-11
骨髓中含有特殊的生物工厂,其每天会产生数十亿个新的血细胞,维持这种生产过程的非血细胞有潜力会产生骨骼、脂肪和软骨组织,而这些输出都是从干细胞开始的,而且干细胞有能力分化成为多种类型的细胞。近日,一项刊登在国际杂志Cell Reports上的研究报告中,来自阿拉巴马大学伯明翰分校的科学家们通过研究揭开了骨髓细胞分化的奥秘。图片来源:CC0 Public Domain文章中,研究人员绘制出了骨髓工厂中不同的骨髓生境群体和其分化的通路,这些骨髓工厂从间充质细胞开始,以三种类型的细胞结束,即脂肪细胞、促进骨骼生长的细胞以及促进软骨生长的细胞,这些细胞分别被称为脂肪细胞、成骨细胞和软骨细胞;机体非造血细胞系统与骨髓中造血系统中的细胞系并不相同,造血系统能够产生红细胞、血凝细胞和免疫细胞等。研究人员使用的主要研究工具是单细胞RNA测序技术,他们对来自机体非造血系统中的2847个单一骨髓细胞进行分析鉴别出了基因表达的mRNA转录物,通过对这些RNA进行测序,研究人员就能够在不同通路的不同阶段区分不同基因的表达和关闭情况。研究者Welner表示,单细胞RNA测序基因表达谱能够帮助实时描述与骨髓微环境中命运选择相关的动态过程,本文研究就提供了一张蓝图,其能更好地理解调节骨髓微环境细胞分化的转录网络。对于每一种特殊的细胞亚群而言,研究人员都鉴别出了其基因特性,同时也阐明了多种转录因子影响特殊骨髓细胞系命运决策的机制,他们所开发的数据库及利用的分析工具都能帮助后期研究基质细胞的分化情况。本文研究结果有望帮助研究人员通过单细胞RNA测序技术来分析其所鉴别的细胞系,后期研究人员还将深入研究揭开骨髓细胞分化的奥秘和分子机制。
05Aug
2019-11