专家入口 | 大众入口
微信端报告查询
肿瘤诊疗
for Oncology
  • 优逸®
  • 遗传性肿瘤易感基因筛查
  • 优替®
  • 肿瘤个体化治疗基因检测
  • 优替®
  • 肿瘤细胞微卫星不稳定性检测
  • 优旭®
  • 循环肿瘤DNA(ctDNA)检测
  • 优旭®
  • 循环肿瘤细胞(CTC)检测
血液肿瘤
for Preventive Health
优生优育
for Reproductive Health
体检中心
for Preventive Health
优迅医学简介

北京优迅医学检验所有限公司以一批有志于推动基因科技及其产业化创新发展,拥有丰富实践经验和成熟运作模式与雄厚市场渠道的专业精英团队为核心,建有近3000平米的临床分子检验及基因测序实验室,拥有世界一流的基因测序硬件设备与相应生物信息分析能力,搭建了全球领先的NEXTSEQ CN500和HISEQ 4000高通量测序及生物信息分析平台,具备批量样本检测及海量数据处理分析能力,基因科技研发与产品孵化能力居于国内前列。

了解更多
初冬的寒风凛凛熄不灭求知的热情,12月3日,2017年重庆市血液病学年会火热召开。本次会议由重庆市医学会、重庆市医师协会主办,重庆市医学会血液学专业委员会、重庆市医师协会血液科医师分会、重庆市铜梁区人民医院血液肿瘤科、重庆医科大学附属第二医院血液科、陆军军医大学新桥医院血液科承办。国内知名血液病学专家张曦教授、娄世锋教授、王季石教授、于洁教授、项颖教授、高蕾教授、曾东风教授、张诚教授、刘耀教授等多位学者分享学术前沿成果,多视角畅谈血液科领域的各个方面。开幕式第三军医大学新桥医院血液科主任张曦教授、重庆医科大学第二医院血液科主任娄世锋教授、贵州省血液病研究所所长王季石教授分别致开幕辞。年会以“How I treat系列讲座”拉开精彩大幕,讲者们从临床实践出发,将血液病的最新学术进展与个人诊治经验相结合,阐述血液病领域前沿动态,展现如何解决临床及科研中的实际问题。大会交流环节,针对病例中的难点和困惑,集大家智慧共谋对策。临床思维大赛,五个战队一路披荆斩棘,尽展风采,多位血液界大咖详细点评。大会采用丰富多样的交流方式展示了各单位血液临床与基础研究成果,内容精彩纷呈。大会合影二代测序技术对精准诊疗的推动作用毋庸置疑,优迅医学再次携血液肿瘤精准诊疗产品亮相重庆,为年会提供新视角。优迅医学基于新一代高通量测序平台,深入血液病领域成功孵化的优睿®血液病融合基因检测,可一次性高效精准检测数百种基因的近千种融合,全面覆盖临床常见、权威数据库及最新研究进展中涉及血液肿瘤相关融合,是对血液肿瘤进行更细致的预后分层、更早的监控复发以及选择合适治疗药物的利器,可帮助临床医生制定更精准的诊疗方案。大会上,众多与会医生驻足优迅展位,深入了解产品技术及临床应用细节。与会医生了解血液病融合基因检测张曦教授亲临优迅展位随着临床研究与应用的推进,优迅医学将继续深化NGS技术检测融合基因的重要优势,持续优化技术,提供更贴近临床实践的血液病精准诊疗一体化解决方案,造福更多血液疾病患者。
04Dec
2017-11
北方秋日渐凉,但本周末优迅医学在京津两地连开两场的肿瘤精准医疗临床应用学术沙龙气氛火热。精准医疗已被临床广泛接受,基于基因检测的肿瘤精准治疗更是快速发展,逐步得到临床认可。11月11日,优迅医学北京区域肿瘤精准医疗临床应用学术沙龙召开。北京大学国际医院胃肠肿瘤外科宁宁主任率先开讲,围绕“命里有时终须有?——基因检测能为我们带来什么”这一实际问题,联系自身多年临床经验阐述了肿瘤精准医疗的内涵。通过回顾目前胃癌、结直肠癌等多个癌种的热点基因、遗传特征,分析了基因检测在科室开展的情况,并以实际病例展示对诊疗带来的启发。基因检测能够提供下一步研究的重点,科室在研多个项目,如遗传肿瘤、ctDNA项目,针对优迅推出的CTC检测,设计开展了肿瘤患者应用腹腔镜和开腹手术的对比,目的在于深入探索腹腔镜是否会造成肿瘤转移,为讨论提供依据。基因检测分析能够更准确而全面的认识肿瘤,大数据的叠加将引发更多的研究热点,推动现代医学的发展。北京大学国际医院胃肠肿瘤外科宁宁主任作报告随后,拥有多年NGS及肿瘤临床产品经验的优迅医学产品总监杜蓉,与在场临床专家深入讨论了NGS技术的应用与局限。作为服务临床的基因检测公司,优迅医学以雄厚的技术研发实力和强大的检测平台实现弯道超车,广泛开展临床合作。NGS检测具有检测基因范围全,准确性强、灵敏性高的技术优势,基因科技正在改变目前癌症早期筛查及治疗的被动局面,争取实现癌症的早期发现与有效治疗。但同样需要客观认识目前NGS在临床应用中存在的问题,如报告解读、临床证据等级评估、患者后续管理等。这需要优迅与临床通力合作,深入研究。优迅医学产品总监杜蓉作报告与会专家与杜蓉总监探讨问题北京区域沙龙的举办点燃了精彩大幕,11月12日,优迅医学天津区域肿瘤精准医疗临床应用沙龙亦如期召开。优迅医学天津区域肿瘤精准医疗临床应用沙龙主管天津区域孙学丽经理有心的将秋的景色带进了沙龙会场,也总结了公司一年来的收获,从融资成功,到新型算法成功登录Nature子刊,从室间质评满分捷报频传,到参与的国家重点研发计划阶段性汇报成果喜人,向与会临床专家介绍了一个综合实力不断增强的优迅医学。对于天津区域的情况她也进行了深入的总结,并将天津区域基因检测的结果统计与大家进行了分享。她认为天津许多医院都有着数据深度挖掘创造研究成果的潜力,公司愿支持临床共同取得更多科研成果。优迅医学天津区域孙学丽经理作报告随后天津市静海医院肿瘤科王曰林主任,讲述了经他诊治的众多患者中的3个典型案例,与在场的临床一线主任分享了他的治疗经验,并深入探讨了在案例中的情形下影响临床决策的因素。针对王主任的案例各位专家畅所欲言,积极探讨,彼此切磋,对基因检测的临床应用达成了一定的共识。王曰林主任总结到,精准治疗是肿瘤治疗的大势所趋,精准治疗的开展有赖于精准诊断。基因检测是肿瘤诊断强有力的辅助工具,但是临床治疗的复杂性要求医生综合多方因素,需要同行共同努力,多在这样的沙龙会议中相互交流。天津市静海医院肿瘤科王曰林主任分享案例优迅医学肿瘤产品经理张强压轴登场,向与会的专家介绍了基因检测临床应用的最新进展及辅助临床治疗的重要价值,发言内容具有极强的专业性与针对性,他认为,基因检测不应该局限于单个药物单个位点,而是要建立肿瘤通路的全局信息,考虑到肿瘤通路与耐药机制的复杂性,需要上下游综合分析以获得药物疗效的准确预测,需要精确的突变比例分析给出精准的用药时机。优迅医学肿瘤产品经理张强作报告京津两场沙龙顺利举行并得到在场专家的充分肯定,是优迅医学真诚与临床沟通,服务临床决心的鉴证,期望未来能有更多这样满堂畅谈“精准医疗”、论道“基因检测”的时刻。
13Nov
2017-11
NIPT这个大家耳熟能详的二代测序技术应用,一直不疾不徐的带着大家的希望奋力生长着。NIPT作为一个颠覆性的新技术,将三大染色体非整倍体疾病的产前筛查准确率从传统唐筛的70%,一跃提升至接近诊断水平。而基于现有方法准确性的再提升,在实验流程日渐成熟的时候,难度空前。优迅医学选择直面挑战,在CTO关永涛教授的带领下,打磨算法,在提高运算准确性的同时,也实现了进一步降低技术成本的可能。优迅医学以关永涛教授领衔的科研团队于2017年11月9日在Genetics in Medicine(IF=8.2)发表了题为Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen的文章。文章报道了优迅自主研发的基于贝叶斯统计学原理的NIPT算法。该算法通过对大量样本胎儿比例的学习建立胎儿比例的先验概率,用此先验概率给Z检验的似然值加权获得后验概率。从后验概率获取贝叶斯因子,跟Z检验相比,优迅贝叶斯算法有三大优势。其一,可有效去除低胎儿比例中的假阳性(在实际数据分析中,我们从51例Z检验阳性中发现了9例假阳)。其二,贝叶斯方法可以方便有效地整合孕妇年龄风险及其他辅助检查提示的风险,做到个性化筛查。其三,贝叶斯方法可以计算汇报阳性预测值和阴性预测值(Z检验没办法做到)。这俩值给医生提供了阳性和阴性的可信度,有极大临床价值。文章题目:Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen期刊:Genetics in Medicine作者:Hanli Xu ,Shaowei Wang , Lin-Lin Ma , Shuai Huang , Lin Liang , Qian Liu , Yang-Yang Liu, Ke-Di Liu , Ze-Min Tan , Hao Ban , Yongtao Guan , and Zuhong Lu通讯作者:关永涛(优迅医学首席科技官/贝勒医学院儿童营养学与遗传统计学实验室教授)IF:8.2文章摘要目的:无创产前筛查(NIPS,Noninvasive Prenatal Screen)是将母体和胎儿混合的游离DNA进行测序。通过测定序列估算染色体含量,以此检测胎儿三倍体。传统计算方法利用Z检验比较样品与整倍体对照组,但这种方法没有完全利用到胎儿比例信息。我们提出一种贝叶斯方法,能够充分利用先验信息胎儿比例。方法:结合Z检验似然值和由性染色体含量推测出的胎儿比例先验值计算贝叶斯因子。贝叶斯方法的框架可以将孕妇年龄等多项风险因素纳入先验概率,计算出具有临床重要意义的个体阳性/阴性预测值,而这两个值在Z检验中很难得出。结果:经过比较,证明贝叶斯方法显著优于Z检验。对3405个NIPT样本进行分析,在51个阳性结果中发现至少有9个可能是Z检验导致的假阳性。结论:我们在检验统计方法的基础上,建立了利用检测同批测序数据,更加注重胎儿比例信息这一效应值的NIPT分析方法。关键词:无创,产前,先验,胎儿浓度,贝叶斯因子目前卫计委对NIPT检测开展的标准是三大染色体复合假阳性率不高于0.5%,这是个看似已经很低的数据。但是对于每个有可能避免假阳性结果的孕妈及家庭,都会掀起一场不小的风暴。持续优化方法,提高检测效率,更好的服务临床,服务大众健康,时时处处皆求精进正是优迅各项检测服务的打造与打磨之路。从三大染色体的精准判读,到覆盖全面的染色体微缺失微重复,再到单基因病的检测。优迅参与的十三五国家重点研发计划,也一直在稳步推进。
11Nov
2017-11
2017年7月,优迅医学获得了1.7亿人民币A轮融资,创下了上半年同领域内最大融资规模。投资方包括深圳高特佳、险峰旗云和中信国安等资深战略投资机构。这也是优迅医学获得的第二轮融资,加上此前的天使轮,公司累计融资金额已超两亿。在2016年国家卫生计生委首次对ctDNA基因突变检测的室间质量评价调查中,这家公司以全满分优异成绩,一举从众多接受评调的同行中脱颖而出,令业界刮目相看。市场与技术高度融合的团队优迅医学是科迅生物旗下的医学检验所,创始人兼董事长王建伟曾是华大基因人力资源第一负责人,也是安诺优达前联合创始人CEO。与这个行业的绝大部分牵头创业者相比,王建伟似乎代表了一个比较奇特的身份存在:既非科技牛人,也非跨界而来的运营大咖。王建伟身份的貌似“特异”性,实际上某种程度为上述论述提供了一隅辅证。正如优迅CTO关永涛所言,“相对于将兵,她善于将将。”联合创始人马劲枫之前是华大基因在生育产品线最大的合作伙伴,也是国内NIPT产品首批市场开拓者。进入基因行业前,马劲枫已在医药领域积累了多年的市场经验和体系资源,他正在寻求适应新形势转型发展的突破口。王建伟在离开安诺优达后找到了马劲枫,希望成立一家专注于面向临床服务的领先型基因检测企业,将基因产业推得更深更实。在与业内同行广泛讨论沟通后,马劲枫对基因检测行业有了更深的认知,基因检测服务未来在临床上的影响力特别是精准潜力,无论是发展体量还是可持续性,可能不亚于甚至超越传统产业。这一结论在马劲枫心中逐步清晰和明确了下来,于是俩人一拍即合,与李培新、朱丹、李进同样具有类似深厚经验和资源的志同道合者,在2014年共同创办了科迅生物,并在2015年成立了优迅医学检验所。公司CEO周晔是美国新墨西哥大学的博士,在希望之城国家医疗中心做了十多年的癌症相关研究,以及大量肿瘤精准医疗和液体活检临床转化工作。周晔的加入让公司与希望之城和南加州大学norris综合癌症中心建立了紧密联系。公司CTC产品便是与南加州大学合作开发完成的,确保了整体技术与国际水平的并行。CTO关永涛现任美国贝勒医学院教授,是生物信息分析与统计遗传方面的资深科学家,尤其擅长基于贝叶斯统计的基因组学大数据分析、单倍体的群体变化和关联分析等。在其带领下,优迅生物信息团队已经在无创产前和液态活检两方面开发出了全球领先的统计算法。差异化产品,构建市场护城河优迅医学的产品主要布局NIPT和肿瘤领域。NIPT是目前基因检测中市场化程度最高的领域。随着行业规范逐渐明确,入围企业越来越多,行业竞争也日趋白热化。对于已经在市场有一定占有率的企业而言,他们将面临越来越多的竞争对手。对此,马劲枫在接受动脉网采访时分享了个人的研判。 “目前整个市场还没有被完全开发,传统唐筛的市场覆盖率大概在50%,NIPT目前才15%。”马劲枫表示。他认为,白热化竞争是未来局势,但目前阶段市场发展空间仍是足够和有巨大潜力的,而企业任务的关键是加强整体市场体系的开发与拓展。他向动脉网透露,优迅医学下阶段将着重推出市场差异化的产品系列,以为未来的市场竞争抢占先机。除了目前大部分同行都在开展的唐氏筛查产品,优迅医学的生育线产品还包括孕前的营养吸收和代谢能力检测,以及孕后的新生儿遗传代谢性疾病检测等。而在孕中的NIPT环节,除了18、21、23号染色体的检测,优迅医学还推出了针对遗传性耳聋、地中海贫血等检测项目。技术创新方面,生物信息的核心算法是基因检测公司的核心战力。在关永涛的带领下,优迅医学的生信团队开发出了一套基于贝叶斯理论和隐马尔科夫模型的统计算法。这是一套完全自主研发的NIPT创新型统计算法,完美规避了Z检验方法(现今国内主流统计算法)在结果分值处于“灰区”而无法判断的临床尴尬。相关研究成果和临床分析已成文被ACMG旗下杂志《genetic in medicine》接收,将于下月见刊发表。马劲枫表示,公司希望通过在生育检测产品体系的全范围覆盖,以及与市场产品的差异化策略,构建起公司的市场护城河。以NIPT为支撑,抢占肿瘤液体活检市场先机基因检测起于无创产前检测,将兴于肿瘤精准医疗,而鼎盛于个人全基因组大贯穿式服务。优迅医学成立之初,正是NIPT话题度最高的时期。公司再深耕NIPT服务体系的同时,也开始布局下一个可能爆发的行业——肿瘤精准医疗。2014年,在同时期先后创办的各检测公司肿瘤相关产品尚处于酝酿起步阶段时,优迅医学一成立就开始了在生育检测和肿瘤液体活检领域的双向布局。2015年10月,公司完成了首个肿瘤个性化检测产品“优替”研发孵化,并正式推出商业化产品。随后,“优旭”、“优逸”等CTC产品和ctDNA产品也陆续上线。2016年2月,优迅医学联合中国癌症基金会成立专项基金,与16家国内顶级肿瘤医院共同启动了全国多中心液态活检项目。肿瘤液体活检的产品开发过程中需要将血检结果与组织活检结果进行分析对比,由此验证产品的准确性,通常这两项测试是由液体活检公司自行完成。而在此项目中,优迅医学负责1000多人的血液检测,而16家医院则负责组织活检的检测,最终双方再进行对比验证。就是说,这是一场双盲验证。马劲枫告诉动脉网:“这在行业内还是第一次。”目前该项目正在全面推进中,相关研究成果将从明年陆续发表公布。与临床专家密切沟通,着眼市场实际需求肿瘤液体活检最终的落脚点离不开临床,产品的属性应该符合临床需求。从产品立项、到成型孵化的整个研发过程,公司一直与临床专家保持密切沟通,并通过希望之城和南加州大学两个世界领先的科研机构,将国外成熟技术与国内临床实际需求相结合。马劲枫告诉记者,医生在对肿瘤检测产品接触之后会有更深的认知和全面的了解,这是一个需要不断迭代甚至反复而最终共识升华的过程。他特别强调,根据优迅的感悟,检测产品并非越多越好,特别是在产业化早期,不明确的位点反而会给医生的临床诊疗带来困扰。重运营,自建市场团队在肿瘤液体活检领域,公司已经与超过200家医院达成了合作。公司在肿瘤精准医疗领域组建的市场团队超过80人。马劲枫认为,与NIPT的成熟化相比,肿瘤液体活检正处于起步阶段。从研发到市场虽然全部由自己操刀,在推广过程中会走得比较慢,但能走得稳。“这个市场还在孵化,我们希望能自己去走市场这条路,能表达得更准确,也能及时了解临床需求和反馈。”他表示。2017年国庆期间,国家发改委发文称,基因检测产业已经成为我国经济发展“新常态”下新动能的重要力量。这也为身处基因产业中的优讯医学打了一剂强心针。据了解,公司肿瘤线正在准备诊断试剂盒的申报工作。此轮融资完成后,公司计划在肿瘤领域和生育检测领域开展几项重大研究,问为后续产品线做储备;商业模式上,公司计划明年提交试剂盒产品的审批申请,以实现从单一的服务模式向“产品+服务”模式的重大转型;团队建设上,公司将继续扩建和强化肿瘤市场的渠道团队。公司在2015年年底正式挂牌新三板,马劲枫透露,公司计划在2020年前后转板IPO。
20Oct
2017-11
36 氪获悉,优迅医学今年 7 月上旬已经完成了 1.7 亿 A 轮融资,投资方为高特佳、险峰旗云、中信国安资本管理有限公司。 北京优迅医学检验所成立于 2015 年 7 月, 主要业务方向是出生缺陷检测规模化服务与肿瘤精准医疗产业化开发,建立全方位一体化检测服务技术平台。2015 年 8 月,优迅获得北京市医疗执业许可资质。优迅同时拥有 CTC 和 ctDNA 产品的公司,两者互补可提供更多的临床信息,可开发空间巨大。今年 8 月 24 日,国内首个孕期健康高风险人群基因筛查多中心项目在优迅正式启动。该项目由北京医学会围产分会和优迅医学共同发起,北京医院、301 医院、北大医院、人民医院、北医三院等十二家全国顶级医疗机构联合参与。————以下是此前报道原文————随着基因测序技术飞速发展,基因组学科学研究热度空前,从基因层面去实现个体化健康理念的精准医疗已成为一种趋势。在继过去几年无创产前基因检测(NIPT)的成熟应用后,当下国内新的一波瞄准肿瘤基因检测的公司正在迅速崛起。北京优迅医学检验所成立于 2015 年 7 月, 主要业务方向是出生缺陷检测规模化服务与肿瘤精准医疗产业化开发,致力于打造全方位一体化检测服务技术平台。2015 年 8 月,优迅获得北京市医疗执业许可资质,并已建有近 3000 平米的临床分子检验及基因测序实验室。2015 年 12 月成功登陆新三板。  优迅的产品和服务中,在精准医疗(肿瘤线)这一块,其服务包括了遗传性肿瘤易感基因筛查、肿瘤个性化治疗基因检测、循环肿瘤 DNA(ctDNA)检测、循环肿瘤细胞(CTC)评估与监测,合作的医院约有 120 家。在肿瘤基因检测中,ctDNA 的检测是一个难点,而优迅自主研发的超低频突变捕获技术 ESRiT 能很好地克服该难点,获得精准检测的结果。另外,优迅的市场总监唐宇告诉 36 氪,优迅同时拥有 CTC 和 ctDNA 产品的公司,两者互补可提供更多的临床信息,可开发空间巨大。此外,优迅与中国癌症基金会合作已展开全国多中心肿瘤液态活检项目,参与单位包括中国医院科学院肿瘤医院等 16 家全国顶级肿瘤医院,投资数额为数千万,致力于挖掘中国人群肿瘤数据的科研价值,探讨液体活检技术的临床应用价值,以及建立技术规范。  在生育健康(出生缺陷线)这一块,优迅的检测服务覆盖了所有的生育健康临床应用,包括 NIPT、染色体异常检测等,合作的医院有三四百家,遍布全国近二十个省市地区。唐宇告诉 36 氪,优迅的市场团队在生育健康领域方面拥有丰富的行业经验,在行业中已形成一定的品牌。此外,科技部发布国家重点研发计划 " 生殖健康及重大出生缺陷防控研究 " 重点专项中,优迅与 301 医院共同参与 " 常见单基因病及基因组病无创产前筛查及诊断技术平台研究及规范化应用体系建立 " 重大项目,优迅主要负责研发高精度、无创单基因病和儿童常见基因组病筛查和诊断新技术,努力建立覆盖全国的育龄人口和出生人口队列,重点监控生殖健康相关疾病、出生缺陷和辅助生殖技术。在近期的计划中,唐宇表示,优迅将会在 9 月推出基因检测电商平台——基因屋(generoom.com)。该平台直接面向消费者,专注于生活消费级基因检测产品的研发、销售及服务。基因屋提供的第一个服务将是阿尔茨海默症基因检测,从遗传学角度为客户评估该病的患病风险。  优迅目前的团队规模约为 100 人。创始人 CEO 周晔是新墨西哥大学生物医学 PhD,并在美国希望之城(City of Hope)从事分子药理学相关的博士后研究,拥有 10 年以上的分子生物、细胞生物学转化研究专业背景;CTO 关永涛美国爱达荷大学数学系博士,统计遗传学家,十年以上生物信息分析及遗传统计学学习及工作经历。在融资方面,优迅在 15 年 8 月已获得 4000 万天使轮融资。(本文作者 大姿)
24Aug
2017-11
11月09日,ACMG旗下杂志Genetics in Medicine(IF=8.2)刊登了题为“Informative prior on fetal fraction increases power of noninvasive prenatal screen”的最新文章。研究人员设计了一种贝叶斯方法,能够充分利用先验信息胎儿比例,显著提升无创产前筛查效力,这种新算法对于未来无创产前检测扩大筛查范围的应用有重要指导意义。据了解,这是一套完全自主研发的NIPT创新型统计算法,完美规避了传统基于Z检验方法,依赖阈值在结果分值处于“灰区”而难以判断的临床尴尬。研究团队利用隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model,HMM)剔除群体水平和母体CNV的干扰,大大拓展临床适用范围,并以平滑样条法改进GC校正方法。通过性染色体含量推断胎儿比例,拟合先验分布模型。结合Z检验似然值和由性染色体含量推测出的胎儿比例先验值,计算贝叶斯因子,同时将孕妇年龄等多项风险因素纳入先验概率对贝叶斯因子进行校正。综合Z-score及贝叶斯因子对染色体是否异常进行有效评估,计算出很难从Z检验中得出但具有临床重要意义的个体阳性/阴性预测值,使分析结果更加准确。研究人员分析了3405个NIPT样本测序数据,结果发现Z-score、胎儿比例及贝叶斯因子三者呈现正相关,其中胎儿比例与Z-score是线性相关,在胎儿比例过低时(<4%),Z检验会出现假阴性。另外研究人员选取了其中的51个Z检验阳性样本(Z-score>4),发现有9个样本利用文中贝叶斯方法计算都是阴性。虽然这9个假阳性不是在三大染色体(21、18、13)中报出,但是目前NIPT检测范围已经逐步扩至全部范围的染色体,因此对于通过Z检验得出的结果其准确性应有所警惕。文章的研究团队由优迅医学CTO关永涛(通讯作者)领衔,他认为,此方法另一重要创新之处在于利用了比惯常使用的sharp null更优的informative null。使用sharp null在贝叶斯分析中是一种普遍做法,但是这是基于它的便利性,而不是科学性。且先验信息可依据数据更迭,这是由基因测序数据提供的十分独特的方案。随着NIPT的检测范围正在逐步扩展到全部范围的染色体,无论是在控制假阳性方面,还是从统计功效降低成本角度来看,这种贝叶斯方法在相较Z检验都有很显著的优势,未来具有非常广泛的应用前景。NIPT,无创产前检测是基于二代测序利用母体外周血进行胎儿染色体异常筛查的手段,目前主要应用于T21(唐氏综合征)、T18(爱德华氏综合中)及T13(帕陶氏综合征),这些临床常见会对胎儿智力发育等产生影响的染色体费整倍体疾病。NIPT是二代测序结合基因组学研究应用于临床的第一个成功的商业案例。随着近年来技术的发展,已经有诸多文献报道,NIPT技术进一步提升精度,用于筛查染色体微缺失、微重复造成的胎儿异常具有可行性。原始出处:Hanli Xu, Shaowei Wang, Lin-Lin Ma et al. Informative Priors on Fetal Fraction Increase Power of The Noninvasive Prenatal Screen. 
12Nov
2017-11
胃癌(GC)是全球癌症死亡的主要原因。肠型胃腺癌是最常见的胃癌类型,已明确其经历特定的的组织学发展过程是从胃炎开始,进展到肠上皮化生(IM),生长异常,最终成为癌症。其中通过上皮相似的肠道上皮代替胃粘膜的IM是公认的癌前病变。一项近期发表的名为“Genomic and Epigenomic Profiling of High-Risk Intestinal Metaplasia Reveals Molecular Determinants of Progression to Gastric Cancer.”的研究招募了148名无癌症患者,在为期10年的前瞻性研究中,对这其中的138名IMs(epi)基因组进行了分析。研究发现,与GC相比,IM具有较低的突变负荷,其表现为反复发生某些肿瘤抑制因子(FBXW7)的突变,而不是其他的(TP53,ARID1A)的突变,染色体8q扩增和端粒的缩短。与组织病理学(11%-27%)相比,测序鉴定出更多患有活动性幽门螺杆菌感染的IM患者。几个IMs在DNA甲基化时表现出高甲基化谷峰; 然而,IM通常缺乏晚期恶性肿瘤的基因内低甲基化的特征。 缩短端粒和染色体改变的IM患者与之后的不典型增生或GC相关; 相反,呈现类似正常表观基因组模式的患者与衰老相关。过去的研究提出了基于组织学的IM分类,将IM分为“低风险”完全型(I型)和“高风险”不完全型(II型和III型)。然而,组织学IM亚型与GC风险之间的关联并不被普遍接受,而早期分子研究则调查主要集中在单个分子水平上,主要分析来自并发GC的IMs患者(即确诊癌症的患者的IM)。由IM到GC的进展中值时间估计为6.1年,这些早期研究不能完全反映大多数诊断为IM患者的真实的临床情况,即是否确实无癌。而在这项研究中,研究人员试图准确评估IM分子谱,并确定与GC进展和IM回归有关的分子特征。为了了解IM中的分子改变,研究人员将一组癌症相关基因组改变(体细胞突变,拷贝数改变和端粒长度),表观基因组改变(DNA甲基化)和病原体(Hp)改变整合到预期的结果数据当中。 并发现化生细胞可以表现出克隆性突变(即,MAF> 3%-4%)和表观基因组的改变,并且这些畸变与组织病理学类别(轻度IM对明显/中度IM)之间的IM细胞性相关 ,或可在LCM纯化的IM细胞中观察到。 然而,尽管在IM中可能发生克隆性突变,但是实验数据也表明这种突变并不常见(2%-4.7%),并且主要存在于不同的样品中。 而且,来自同一患者的IM显示出较高的异质性。TP53突变发生在3/5 GC样本中,而在非癌性胃炎粘膜不发生该突变。但值得注意的是,在该研究中,研究人员使用的是3653平均测序覆盖率,其检测到中值MAF为4%。这种敏感性虽然足以检测克隆性突变,但可能不足以在非常低的MAF水平(<1%)下检测突变,因为这些只能通过超深度测序进行检测。因此,实验结果也不排除在Hp感染的胃组织中也可能发生额外的低丰度突变的可能性。实际上,Shimizu等人使用超深度测序平台(平均覆盖40243,比常规外显子组测序高近1003)分析Hp感染的非癌性胃炎粘膜,15/44例在非常低的MAF值(0.1%-0.26%)下表现出TP53突变。在使用更高深度(1,8553)测序时,观察到在6/8样品中在0.42%和0.67%之间的等位基因频率处发生的TP53 G245D突变 (MAFs 0.42%-0.67%)。 G245D是在Hp感染的胃粘膜中报道的最常见的突变。 Hp感染可能因此导致低丰度突变积累过多,进而促进某些IM中的克隆突变。这项研究结果可能有助于更好地理解“不可逆点”。通过队列研究评估Hp根除治疗的有效性,提出了不可逆转的治疗方案。例如,Wong等人表明,根除HyHP仅对没有癌前病变(GC,IM或发育异常)的受试者具有保护作用,而Lee等报道Hp根除导致Hp感染和GA显着降低,但是没有IM严重程度和胃发育不良的程度差异。然而,其他研究却对“不可逆点”提出质疑。例如,Kang等报道即使在中重度IM患者中,根除Hp也可能是有益的。最近的一项Meta分析得出结论,Hp根除与包括IM患者在内的所有基线风险水平的GC发病率降低相关。在该研究中,一部分具有中等水平DNA甲基化改变的患者倾向于显示出组织学水平的衰老,而具有高水平DNA甲基化改变的患者倾向于持续/进行性发展。值得注意的是,研究人员发现了Hp感染水平与中间组的DNA甲基化水平相关,但是在甲基化高的组中不存在,提示Hp根除可能会逆转或延迟前者而不是后者的甲基化改变。异常的DNA甲基化水平因此也可能影响不可逆点。总之,研究发现在感染的胃黏膜中,Hp诱导的炎症引起亚克隆性突变和DNA甲基化改变的产生,进而促进IM发育。这可能导致IM中的克隆性突变和表观遗传改变;然而,这些突变仍然不常见,突变负担相对较低。进一步获取其他突变,大规模染色体改变,和额外的表观遗传变化,最终进展到GC。由于IM患者存在显著的遗传异质性,如果表现出克隆性突变的IM是最终GC的直接细胞前体,则其将继续进展。然而,研究观察到IM与基因组相比缺乏基因内低甲基化,因为低甲基化DNA也与染色体不稳定性有关。最后,通过诸如癌症前图谱(Pre-Cancer Atlas)的努力,使用分子数据来指导癌症的预防正在兴起。在显著比例的IM中,观察到增加的DNA甲基化提高了作为潜在的化学预防策略的低剂量表观遗传治疗的潜力。参考文献Kie Kyon Huang,Kalpana Ramnarayanan, Feng Zhu,Ming Teh, Khay Guan Yeoh, Patrick Tan. Genomic and Epigenomic Profiling of High-Risk Intestinal Metaplasia Reveals Molecular Determinants of Progression to Gastric Cancer.https://doi.org/10.1016/j.ccell.2017.11.018原文链接
10Jan
2018-11
一项来自南安普敦大学的新研究发现,特定基因的遗传变异可能是导致早发性乳腺癌患者生存率降低的原因。这项研究增加对参与乳腺癌预后的基因和通路的认识,并可为开发新疗法提供新的靶标。一项来自南安普敦大学的新研究发现,特定基因的遗传变异可能是导致早发性乳腺癌患者生存率降低的原因。乳腺癌是女性癌症相关死亡的第二大原因,每年约有450000人死亡。而该病经确诊后,年龄在15-39岁的女性,较39岁以上的女性相比存活率更低(虽然该病存活率一般都很高)。这种差异的部分原因是由于年轻女性肿瘤恶化发生率高,但即使考虑了肿瘤类型与治疗手段的差异性,年龄因素仍是相对独立的。南安普顿大学有史以来最宏大的研究,探讨了基因和40岁及40岁以下女性乳腺癌患者的生存率之间的联系。探究除癌症的特点外,哪些因素可能会导致年轻女性的存活率更低。研究人员发现,在特定的基因,ADAMTSL1上,单核苷酸多态性(SNPs)发生了变化,可增加患病的风险—且仅在该病的早发性患者身上出现。单核苷酸多态性即基因组(一个人的全部遗传序列)水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。类似这样的研究,旨在寻找该类遗传变异与存活率之间的联系。相关的研究发表在自然通讯杂志上,第一作者William Tapper博士说,该研究结果可能最终会被用于改善疾病进展预测的准确性,帮助临床医生和患者选择最有效的治疗方法。“这对未来诊断和治疗早发性乳腺癌患者来说,是个激动人心的重大发现,”Tapper博士说。“我们的研究增加了我们对参与乳腺癌预后的基因和通路的认识,并可为开发新疗法提供新的靶标。短期和中期来看,这一遗传因素可能被用来改进预后模型。长期而言,更多的是对该关系背后的机制探讨,及其与治疗反应的关系,它可能会对当前乳腺癌症治疗最有效的方法产生冲击。”Tapper博士补充说,该发现仍需要进一步研究,并探究其背后的机制。参考资料:[1]Latha Kadalayil et al, Germline variation in ADAMTSL1 is associated with prognosis following breast cancer treatment in young women, Nature Communications (2017). DOI: 10.1038/s41467-017-01775-y [2]Scientists pinpoint gene to blame for poorer survival rate in early-onset breast cancer patientsDecember 15, 2017, University of Southampton原文链接
26Dec
2017-11
在今天,基因疗法又引来了一个里程碑事件:FDA批准了第一个可以直接应用于临床的基因疗法。美国食品和药物管理局今天批准了一种新的基因治疗方法Luxturna(voretigene neparvovec-rzyl)治疗遗传性弱视的儿童和青壮年患者,这种遗传性弱视在人类的成长后期会发展为失明。Luxturna是第一个在美国被批准的可直接用于临床的基因疗法,用于特定基因突变引起的疾病。      “今日的批准标志着基因疗法领域的另一个‘新起点’,该疗法不仅有着新的工作机理,还将基因疗法应用到了癌症之外,还可治疗视力丧失。该里程碑在治疗各式各样具有挑战性的疾病上加强了其突破性疗法的潜能。经过几十年的研究,今年有三种基因疗法被批准用于治疗严重罕见疾病的患者。“我相信基因疗法将成为治疗或是治愈许多最具破坏性的顽疾的支柱。”美国食品与药物管理局局长Scott Gottlieb,M.D.说道:“我们正于一个转折点,当美国食品与药物管理局在处理这种新型疗法时,我们的重点是建立更完善的政策以利用这种科学开放带来的成果。”明年,我们将开始发行一套有关于治疗特殊疾病的特定基因疗法的产品开发发面的更有效的现代化指导文件,包括新的临床测量报告,平台已锁定了不同高优先级疾病的基因治疗的评估和审查。Luxturna被批准用于治疗确诊为双等位基因RPE65突变所致的视网膜营养障碍而导致视力丧失的患者,部分患有此病的患者可能发展为完全性失明。遗传性视网膜营养障碍是一种常见的遗传性视网膜疾病,可导致进行性视觉功能障碍,可由220多种不同基因中的任何一种突变引起。在美国,大约有1000到2000人受累于双等位基因RPE65突变导致的视网膜营养障碍,双等位基因突变携带者在特定基因该(基因来自于父母中的一方)的每一次复制中都可能发生突变(不一定是相同的突变)。RPE65基因发出产生酶(一种催化蛋白质)的指令,这种酶在维护正常视力中必不可少。RPE65基因的突变可使RPE65活性降低或缺失,导致视觉周期受阻,进而视力受损。随着时间的推移,患有双等位基因RPE65突变所致的视网膜营养障碍的患者的视力会逐渐衰退。最终,这种视力丧失通常会在儿童期或青春期发展成完全失明。Luxturna可直接在视网膜细胞上正常复制RPE65基因。随后,这些视网膜细胞可产生正常的蛋白质,在视网膜上将光转化电信号,从而恢复病人的视力。Luxturna使用一种自然产生的已通过DNA重组技术修改的病毒作为载体将正常的人类RPE65基因植入视网膜细胞以恢复视力。Image of LUXTURNA (voretigene neparvovec-rzyl) product vial.“Luxturna的批准进一步打开了基因疗法潜力的大门,”美国食品药品监督管理局的生物制品评价与研究中心主任Peter Marks博士说。“在此之前,双等位基因RPE65突变所致的视网膜营养障碍几乎没有治疗手段,现在则有望(通过Luxturna)技术改善视力。”由治疗医师决定将Luxturna技术应用于存在有活性的视网膜细胞的病人。不可同时在两只眼睛上进行Luxturna治疗,至少需要间隔6天(再治疗另一只眼睛)。该视网膜下注射由外科医生在进行眼内手术时进行。患者应口服强的松进行短期治疗以预防Luxturna的潜在过敏反应。Luxturna治疗最常见的不良反应包括眼红(结膜充血)、白内障、眼压增高和视网裂孔。美国食品和药物管理局批准了这项应用可获得优先审查证和突破性疗法命名权。Luxturna还获得了罕见病药的称号,这极大的鼓舞了(科研人员)开发罕见疾病药物。 在一项旨在鼓励开发新药和生物制剂以预防和治疗罕见儿科疾病的项目中,主办方正在申请一项罕见的儿科疾病优先审查证。主办方可在随后获得一张优先审查证,用于不同产品的后续营销申请。这是自该项目启动以来,美国食品和药物管理局发布的第13个罕见的儿科疾病优先审查证。为了进一步评估长期安全性,制造商准备进行接受了Luxturna治疗的患者的随访调查。       美国食品和药物管理局通过了罕见病基因疗法公司Luxturna上市的申请。参考资料:[1] FDA approves novel gene therapy to treat patients with a rare form of inherited vision loss[2] Spark Therapeutics官方网站http://www.sparktx.com/原文链接
22Dec
2017-11