专家入口 | 大众入口
微信端报告查询
肿瘤诊疗
for Oncology
  • 优逸®
  • 遗传性肿瘤易感基因筛查
  • 优替®
  • 肿瘤个体化治疗基因检测
  • 优替®
  • 肿瘤细胞微卫星不稳定性检测
  • 优旭®
  • 循环肿瘤DNA(ctDNA)检测
  • 优旭®
  • 循环肿瘤细胞(CTC)检测
血液肿瘤
for Preventive Health
优生优育
for Reproductive Health
体检中心
for Preventive Health
优迅医学简介

北京优迅医学检验实验室有限公司以一批有志于推动基因科技及其产业化创新发展,拥有丰富实践经验和成熟运作模式与雄厚市场渠道的专业精英团队为核心,建有近3000平米的临床分子检验及基因测序实验室,拥有世界一流的基因测序硬件设备与相应生物信息分析能力,搭建了全球领先的NEXTSEQ CN500和HISEQ 4000高通量测序及生物信息分析平台,具备批量样本检测及海量数据处理分析能力,基因科技研发与产品孵化能力居于国内前列。

了解更多
日前,深圳华大基因股份有限公司完成了对优迅医学的战略入资。优迅医学也因此成为华大基因对同行业企业战略投资的基因科技公司之一。优迅一直高度关注和支持华大将基因科技高端核心装备牢牢掌握在国人手中的战略努力,不仅是华大国产测序仪的第一批客户,而且已经将NIPS业务线全部转产到该测序平台上。双方合作由来已久,层面多样,形式灵活,相互信任和认可程度都很高。就此次战略入资,优迅医学董事长王建伟女士在衷心感谢华大基因的战略信任与支持的同时指出,作为国内目前屈指可数的一线基因科技公司创业者的共同摇篮,华大基因在中国基因科技产业化首创快起中的历史性角色和作用是独一无二的。目前华大基因正倾力打造适应新时代中国基因科技及其产业化长期稳定发展需要,全自主可控、全服务贯穿、全人群覆盖的基因健康新生态体系,选择性战略入资、超前性战略布局,正是落实上述大战略的具体举措。优迅医学会抓住战略契机,继续发挥好自身优势特点,继续发扬踏踏实实干实业的风格,力争在正在到来的基因产业新一轮大发展浪潮中脱颖而出,以优异业绩不负战略投资者的厚爱。
24Apr
2019-11
4月11日-4月14日,由北京协和医院产前诊断中心、中华医学会北京分会携手香港中文大学及美国贝勒医学院,共同举办的“第四届中国母胎医学大会、第十五届亚洲及太平洋地区母胎医学大会(APCMFM)、第三届美国贝勒医学院-香港中文大学-北京协和医院遗传学大会”在北京顺利召开,来自全国各地的百余名从事围产医学、产前诊断、超声影像、儿科及临床遗传学等与母胎医学相关的专业大咖齐聚北京饭店,共话产前早筛,研究讨论学习。优迅医学CSO关永涛教授携手CTO伍启熹博士共同出席本次大会。本次大会,北京协和医院妇产科边旭明教授、北京协和医院超声科主任姜玉新教授、香港中文大学妇产科学系系主任梁德杨教授共同担任大会主席,北京协和医院妇产科刘俊涛教授为执行主席,蒋宇林教授、黄锦教授、许争峰教授、李洁教授、朱宝生教授等产前诊断相关领域大咖相约四月的京城,探讨母胎医学。北京医学会郭乡萍副秘书长,国家卫生与计划生育委员会妇幼健康司秦耕司长莅临大会并在开幕式致辞。本届大会由大会主席,北京协和医院超声科主任姜玉新教授主持。姜玉新教授首先对参会的各位母胎相关领域同仁的莅临表示了热烈的欢迎。姜玉新教授对目前中国母胎医学领域取得的进步表示了肯定,同时提出了仍亟待解决的问题,期待本次盛会能为各位临床工作者提供一个交流学习的平台,为存在的问题找到解决的方法。愿诸位同仁均能满载而归,共筑母胎医学新篇章。行业内领军人物悉数登台演讲,议题范围横向拓展,纵向挖掘,给与会医生及相关从业人员显现了思想的盛宴和学术的大餐,每场报告会均座无虚席,参会嘉宾讨论热烈。在4月11日的主题为《二代测序,从产前筛查到产前诊断》的中国母胎医学大会会前培训班中,优迅医学CSO关永涛教授就“Fetal fraction and statistical power in noninvasive prenatal screen”这一话题进行了阐述。常用的Z检验存在一定的弊端,关教授指出,优迅的早期研究通过纳入染色体剂量的先验分布,显著改进了Z检验方法。研究中发现,男胎的胎儿浓度可以从性染色体推断出来,从而知道染色体剂量的期望值,而对于女胎来说却无法直接从性染色体推断。因此,优迅努力开发新的统计学方法,以期从低覆盖度全基因组测序的常染色体数据中推断胎儿浓度。关教授回顾了现有胎儿浓度推断方法,并重点介绍了优迅自主开发的基于杂合比变化推断胎儿浓度的新方法。他说,优迅的新方法虽然是低深度测序,但仍有足够多的SNP位点被一条以上的read覆盖,通过“read 杂合”位点所占的比例可以准确推断出胎儿浓度。关教授表示,准确定量胎儿浓度将从三个方面提升NIPS效能:首先,当胎儿浓度极小的时候,可以报告无结论(no call),直接建议患者去进行临床诊断,从而降低假阳性几率;第二,准确定量胎儿浓度可以使诸如克氏综合征、特纳综合征、XY综合症等性染色体非整倍性疾病的检出更容易;第三,胎儿浓度加入贝叶斯模型后将大大提升NIPS效能。常规的Z检测只能推断染色体含量与零假设的差异,而对于假定的三体,或者微缺失、微重复,胎儿浓度的加入可以使我们知道染色体剂量的期望值,从而更准确的判别胎儿DNA是否异常。因此,准确估算胎儿浓度对NIPS检测来说是非常重要的。会前培训后的专家面对面环节,大会方特邀当天发表演讲的几位专家老师再次回到台上,展开会上讨论,解答观众疑惑。(专家面对面)优迅医学CSO关永涛教授也是其中之一。针对于胎儿浓度与测序深度的问题,关教授指出:在胎儿浓度足够高的情况下,几百K长度的微缺失、微重复也可以检测,但是前提是一定要有测序深度的保证,未来在检测报告中,应该加入胎儿浓度的结果,但是是否加入测序深度还要视情况而定。除了干货满满的会前培训之外,中国母胎医学大会专题会更是汇聚了众多专家,为大家带来了精彩的报告。4月13日,优迅医学CTO伍启熹博士携“NIPT-Plus在产前智力障碍筛查中的临床应用”这一论题亮相中国母胎医学大会专题会。伍总表示,我国每年新生儿1600万左右,全国出生缺陷发病率为5.6%,其中智力障碍占21.57%,由于染色体异常而导致的占其中的20.96%。自1997年首次发现孕妇血浆中存在胎儿来源的游离DNA后,NIPT检测技术逐渐兴起,新生儿出生缺陷中智力障碍的提早发现受到了越来越多的关注。传统基于Z检验的NIPT方法存在诸如未能利用胎儿比例的信息,在临界值3附近的灰区判断存在难题;无法剔除母体CNV等异常干扰;无法直接计算出阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)等缺陷。为了在产前检测中获得更加准确的胎儿智力情况信息,提早预防患儿出生,优迅医学自主研发出通过性染色体作为胎儿DNA浓度先验计算贝叶斯因子的NIPT方法。该创新型算法具有准确性更高、临床适用范围更广、稳健性更强等优势。在此之后,优迅医学又开发了通过常染色体数据直接推断胎儿DNA浓度的方法,突破了单个女胎样本的胎儿浓度无法用性染色体得到这一局限。以此算法为基础,优迅医学目前已经推出优馨安®无创产前基因检测、优馨安®NIPT Plus无创产前基因检测两项检测产品。伍总结合相关案例向大家介绍了优馨安®NIPT Plus无创产前基因检测在智力缺陷筛查中的突出表现。这是国内首个涵盖智力缺陷相关区域的产前筛查,填补了临床针对胎儿时期智力筛查空白区域。优迅医学受邀参加了本届大会并设立展台,带来了多款优迅自主研发的相关产品,吸引各领域临床医生和专家前来咨询讨论,丰富的产品和坚实的技术促使现场火爆异常。优迅自2015年成立以来,一直致力于规模化出生缺陷与肿瘤精准医疗产业开发,生育线产业布局和产品维度逐年递增,努力建立生育健康监测整体解决方案。本届母胎大会,优迅带来了生育线全线产品,包括优馨安®NIPT Plus无创产前基因检测、优馨安®无创产前基因检测、优馨益®孕产期常见疾病风险评估基因检测、优馨益®营养吸收与代谢能力基因检测、优馨益®染色体异常检测、优馨益®地中海贫血基因检测、优馨益®遗传性耳聋基因检测、优馨益®新生儿遗传代谢病筛查等多项母婴系列产品,为更多有需要的人群服务。特别值得一提的是2018年推出的优馨安®NIPT Plus无创产前基因检测,在传统的NIPT检测基础上,大大扩展了检测的范围,覆盖更加全面,测序深度大大增加,除了T21,T18,T13以外,还可检测另外4种性染色体和9种非整倍体异常,115种染色体缺失/重复综合征以及295个智力缺陷相关区域的检测。优馨安®NIPT Plus无创产前基因检测目前是国内产前筛查领域首个关注胎儿智力障碍相关区域的检测,成功实现了检测范围从染色体非整倍体至染色体缺失/重复综合征无创检测的飞跃,为孕妇提供更加安心的孕期环境。母胎医学诊疗发展至今,越来越多出生缺陷问题正在被解决。目前,出生缺陷早已不再是单纯的医学问题,而演变为一个社会问题。优迅医学,一直努力做“更贴近临床的基因检测服务商”,未来也将更多与临床紧密合作,吸收本届大会的知识养分,研发更多检测产品,用基因科技的前沿技术为减少出生缺陷作出自己的贡献。
17Apr
2019-11
1月11日,由中关村科技园区管理委员会主办,海淀区政府、昌平区政府、通州区政府、平谷区政府、延庆区政府联合主办,中关村前沿科技与产业服务联盟、中关村银行承办的中关村国际前沿科技创新大赛正式落下帷幕。大赛以“聚焦前沿科技,引领创新发展”为主题,聚焦人工智能、工业互联网、无人驾驶、集成电路、医药健康等九个新兴产业领域,面向海内外,吸引了众多创新型企业及高校创新团队广泛参与。医药健康领域共分为两个预赛分赛场,数十家公司参与竞赛,经过激烈角逐,优迅医学进入该领域决赛环节,并最终凭借“用于肿瘤个性化治疗、动态监测、早期筛查的液态活检ctDNA和CTC双检测平台”项目,荣获医药健康领域TOP10。项目简介众所周知,液态活检是一种非侵入式的血液体外诊断技术,能够检测原发灶和转移灶释放到血液的循环肿瘤DNA(ctDNA)片段和循环肿瘤细胞(CTC),是检测肿瘤和癌症、辅助治疗的突破性技术。相较于传统的组织活检技术,液态活检技术具有微创、避免肿瘤异质性、可实现动态监测、副作用小、操作简单等优势,在肿瘤早期筛查、疗效监测、预后评估等领域均有所应用。优迅医学本次参赛带来的用于肿瘤早期筛查、个性化治疗、动态监测的液态活检ctDNA和CTC双检测平台,紧密围绕肿瘤患者的整体临床过程的各个需求,研发新型检测技术及适用性较强的检测产品,可以做到从同一管血中同时获知ctDNA 信息(用于代替肿瘤组织做个性化用药、耐药性分析)和CTC信息(用于肿瘤预后分析、疗效监测、病程评估)。平台搭建优迅医学搭建的ctDNA检测平台拥有自主研发的ESRiT(Error-suppressed Randam-index Technology)技术,为ctDNA检测技术的临床转化提供了可靠的技术支持。在与中国癌症基金会共同发起的全国多中心液态活检项目中,该检测平台为指导医生对患者进行个性化治疗提供了重要的临床数据。基于平台极高的稳定性,优迅医学于2016年和2018年均全项满分通过肿瘤游离DNA(ctDNA)基因突变检测室间质量评价,成为国内仅有的连续两次满分通过五项变异类型室间质评的三家公司之一。此外,重要的CTC活检平台也正在布局中。2015年优迅医学与美国南加州大学合作,转化落地了针对结直肠癌CTC的检测平台,其最大的特点是无需借助特定的仪器,依靠常规的实验室手段便可对CTC进行有效的分离和定量,进而实现对患者进行预后评估和动态监测。目前正在进行的同北京协和医院的乳腺癌CTC科研合作以及刚刚和中国医学科学院共同完成的甲状腺癌CTC的临床探索,均获得了高价值的前期数据。技术应用本次参赛的双检测平台具有较强的适用性及可靠性,在早期筛查诊断、个体化治疗指导、全程动态监控等方面均有所应用,几乎贯穿肿瘤患者的整个临床过程。肿瘤早期筛查是液态活检的重要应用领域。优迅医学利用健康人群和肿瘤患者外周血样本分离血浆和白细胞,通过低深度WGS测序(0.5X),首创基于CCeS三维泛肿瘤早筛分析方法,从cfDNA浓度、CNV模式及error Spectrum三个角度分析数据建立早筛模型,可实现早期肿瘤信息的捕获,具有无需panel、价格低、准确性高等优势,在方法学上亦是一个创新。其次,优迅搭建的ctDNA检测平台在肿瘤基因用药指导方面的应用也得到了充分体现。优旭®循环肿瘤DNA(ctDNA)检测产品包含单癌种小panel、多癌种中panel以及全方位评估大panel三种,不论是针对单癌种靶药/化药的个性化选择、靶向药物指导和肿瘤化疗药物有效性及毒副作用评估还是所有FDA批准靶向药物需检测基因及其通路基因以及免疫治疗和遗传易感风险等全方位的评估均包括在内,可满足不同患者的需要。在预后评估动态监测方面,优迅的CTC检测平台在“乳腺癌循环肿瘤细胞基因表达的临床应用研究”及“甲状腺癌循环肿瘤细胞基因表达的临床应用研究”项目中均显示出了良好的性能。大量实验证明CTC的出现与肿瘤患者的临床分期及预后均密切相关,通过富集CTC,由特异性marker基因表达量高低来判断肿瘤的良恶性,操作便捷、无创、可重复性高。优旭®循环肿瘤细胞(CTC)检测,通过液态活检双平台为患者提供预后分析、疗效监测、病程评估等,可对疾病复发转移情况提供更加科学准确的评估。目前,该双检测平台已经基本完成基础搭建工作和项目前期基础数据准备及测试工作,在未来,优迅医学将在产品转化方面继续发力,优化肿瘤产品线,期待将更加领先的基因检测技术和产品授惠于更多的肿瘤患者及家庭,为肿瘤防治事业贡献自己的一份力量。优迅医学系国高新技术产业单位,新三板上市公司,是中国癌症基金会合作机构,液态活检大规模临床试验推动者,国家科技部“十三五”重点研发计划课题承担方。优迅医学秉承“更贴近临床”的服务理念,致力于规模化出生缺陷防控与肿瘤精准医疗产业开发。在肿瘤诊疗领域,拥有ctDNA和CTC液态活检双平台助力肿瘤的用药指导、预后评估及动态监测;优迅的低深度WGS早筛技术基于自主知识产权的CCeS三维泛肿瘤早筛分析模型,在前期优秀临床数据基础上,正在大规模临床试验阶段。截至目前,优迅满分通过国家卫健委、美国CAP各项室间质量评价50余次,业务覆盖全国30个省市地区及1500+医疗机构,累积融资金额超2亿元。
14Jan
2019-11
“产检”,是每位孕妈妈及其家庭都不能忽视的两个字。从孕期疾病预防到健康管理,从遗传病筛查到三级防控,科学技术的发展正以前所未有的宽度和广度影响着我们的生活,呵护着我们的健康。但临床可选的方案越来越多,相关的疑惑也随之增加。恰逢第四届中国母胎医学大会,我们邀请到优迅医学首席科学官(CSO)关永涛教授,针对近年来广受临床与大众关注的NIPS(Non-invasive Prenatal Screening)与我们一道聊聊其中的小玄机。【专家简介】关永涛,优迅医学首席科学官(CSO),美国杜克大学教授,美国爱达荷大学数学系博士,统计遗传学家,十年以上生物信息分析及遗传统计学学习及工作经历。主要研究方向为通过统计学和算法的开发分析基因组学大数据。关教授领导其团队曾参与结构化的单倍型变异的模型、设计DNA测序分析计算工具、贝叶斯方法和它在遗传关联分析及haplotype变异的统计模型等重大项目。其带领研发团队自主研发的基于贝叶斯理论的NIPS新算法,发表于《Genetics in Medicine》,是近年来唯一NIPS方法学的重大革新类文章。4月11日,关永涛教授参加第四届中国母胎医学大会并作报告妇产科在线:纵观整个市场,业务涉及到NIPS的公司比比皆是,请问关老师,您认为NIPS与其他的产前筛查方式相比有什么区别?为什么会有如此高的热度呢?关永涛教授:染色体遗传病是导致新生儿出生缺陷的重要因素,在NIPS上市前,如果在产检中发现胎儿颈部透明带(NT)和唐氏筛查这两项检查出现异常,需要进一步做羊水穿刺进行确诊。羊穿本身带有一定风险性,可能引起孕妇宫内感染导致流产。相较之下,NIPS仅需要采取孕妇静脉血,通过DNA测序和生物信息分析,便可得到胎儿的遗传信息,规避了风险。如果胎儿NT和唐筛的结果是高危,我建议孕妇先做NIPS,因为前两者的统计功效远不如NIPS。如果NIPS也是高危,再做羊水穿刺。应该说,NIPS已经完美融入了当前的产检临床体系,同时具有无创、精准、安全、快速等优点,已经得到临床和大众的充分认可。 妇产科在线:在您的报告中我们看到您一直称NIPS,与我们所习惯的NIPT有所区别,您为什么会习惯这样称这项技术呢?关永涛教授:我们都知道NIPT是指 Non-invasive Prenatal Testing,无创产前检测;而NIPS是 Non-invasive Prenatal Screening,无创产前筛查。在这里我是想强调screening,也就是筛查。筛查不是也不能取代检测。检测,比如羊穿取了胎儿DNA跑芯片,直接检测胎儿DNA,最准;但取胎儿DNA是侵入性的。NIPS从孕妇外周血里提取的游离DNA多数来自母体,少数来自胎儿,来自胎儿的占比叫胎儿浓度。胎儿浓度过低时,NIPS的统计功效减弱。我们的数据显示有2-5%的孕妇胎儿浓度偏低或过低。胎儿浓度低就容易产生假阴和假阳。所以孕妇在收到阳性筛查结果后,必须要经过检测核实和遗传咨询才能决定是否终止妊娠。不能依据NIPS的筛查结果直接终止妊娠。 妇产科在线:前面您一直提到胎儿浓度,它对NIPS检测来说有什么重要的意义吗?关永涛教授:胎儿浓度是指孕妇血液中胎儿的游离DNA的占比。NIPS的每个样品都是孕妇和胎儿游离DNA的混合物,准确定量胎儿浓度可以从三个方面提升NIPS的检测效能。首先当胎儿浓度极小的时候,可以报告无结论(no-call),直接建议患者去进行产前诊断,从而降低假阳性几率。第二点是准确定量胎儿浓度可以使诸如克氏综合征、特纳综合征,和XYY综合征等性染色体非整倍性疾病更容易被检出。第三,胎儿浓度加入贝叶斯模型后将大大提升NIPS效能。常规的Z检验只能推断染色体含量与零假设的差异,而引入胎儿浓度,我们能得到“准确”的备择假设。换言之,对于假定的三体,或者微缺失、微重复,我们知道染色体剂量的期望值,可以更准确的判别胎儿DNA是否异常。所以说准确估算胎儿浓度对NIPS检测来说是非常必要的。实际上,美国ACMG建议胎儿浓度在筛查报告上要清晰可见。北京优迅医学检验实验室有限公司妇产科在线:据我们所知,一些孕妇在进行NIPS检测时会由于没有获得结论而被医生要求再次取血,您如何看待这种做法呢?关永涛教授:显示无结论的时候,最好先分析一下是什么原因导致的。基于目前的数据我认为,如果“无结论”是由于胎儿浓度过低造成的话,不建议孕妇在短期内进行二次抽血重检。现在行业上普遍会要求孕妇进行二次取血重检,但这忽略了胎儿浓度的一个变化规律:在孕20周前,胎儿浓度每周增加一般不超过千分之一,隔周重复采血不会有很大差异。当然,如果是由于试剂问题、样本溶血或其他非检测因素影响导致的胎儿浓度低的话,隔周二次采血重做是没有问题的。 妇产科在线:在您的报告中展示了优迅公司许多近期的成果,那么这些成果对临床有哪些提示呢?或者说您对临床医生有什么建议吗?关永涛教授:首先我们希望临床医生可以意识到,准确知晓胎儿浓度是非常重要的,可以帮助他们进行临床判断。胎儿浓度高,PPV(阳性预测值)和NPV(阴性预测值)都会高,筛查结果更可信。第二就是我刚才提到过的,NIPS是一种筛查,临床医生和孕妇应该接受假阴性和假阳性都是不可避免的。选择测序深度高的产品是降低假阴假阳的关键。第三个我重申测度深度越高,筛查的准确性就越高。所以我们建议孕妇去做NIPS Plus,因为它的测序深度要比NIPS高很多。另外我们希望孕妇和临床医生接受“no-call”这种合理的结果。对于由于胎儿浓度过低导致的“no-call”,应该建议孕妇去做羊穿,因为研究发现胎儿浓度过低往往伴随着更高的染色体三体的风险。 妇产科在线:上面我们与关老师聊了很多关于NIPS的话题,也听您提到了NIPS Plus。优迅医学去年推出的优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测一经上市便引起了众多关注,它与市面上其他的NIPS产品相比,有哪些独特之处呢?关永涛教授:虽说NIPS已经是一个相对比较成熟的技术了,但是优迅一直以来仍很重视NIPS的研发工作。2016年,我们参加了科技部“十三五”出生缺陷相关的重点研发计划,在那之后不断努力提升产品,直到去年优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测上市。相较于其他产品,NIPS Plus在算法和检测范围上都有所升级。现在的NIPS产品普遍都采用主流的Z检验方法,检测结果会有灰区尴尬。2017年,我们提出了一种通过性染色体作为胎儿DNA浓度先验计算贝叶斯因子的方法,显著的提高了NIPS算法水平。经过两年的研发,我们开发了一种通过常染色体数据直接定量胎儿浓度的方法,突破了单个女胎样本的胎儿浓度无法用性染色体得到的局限。知道胎儿浓度可以大幅度地提高NIPS Plus的统计功效,极大降低假阴假阳。除此之外,在检测范围、测序深度等方面,NIPS Plus也有所提升,是目前最全面的NIPS微缺失/微重复筛查产品。特别值得一提的是,NIPS Plus是目前国内产前筛查领域中第一个重点关注胎儿智力障碍相关区域的检测。优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测产品妇产科在线:从您的介绍来看,优馨安®NIPS Plus无创产前基因检测可以准确检测小片段的染色体异常疾病,这算是一个比较亮眼的突破。最后问一个孕妈妈会比较关注的问题吧,如果经过NIPS Plus检测发现结果呈阳性,一般我们会建议她们怎么做呢? 关永涛教授:如果检测结果呈阳性的话,我们建议孕妇一定去做羊穿进行验证,不能不做验证直接终止妊娠。我在这里再次强力推荐我们公司的NIPS Plus,因为测序深度高,又有辅助白细胞测序帮助胎儿浓度定量,对于染色体三倍体,NIPS Plus的统计功效比NIPS要高出很多,同时又能检出更多的智力障碍相关的微缺微重。这个其实之前我们公司是有一些相关案例的。比如说去年7月,我们的优馨安®NIPS Plus检出了一位孕妇怀有的胎儿在智力缺陷相关区域中存在高风险,也就是说胎儿出生后会有智力障碍,后来通过临床羊水芯片验证,证实我们的筛查正确。孕妇在医生的建议下选择了引产。可以设想,如果当时这个孕妇只是选择了普通的NIPS而不是NIPS Plus,那么这个宝宝的出生会给社会和家庭带来巨大的困扰及伤痛。通过与关老师的交流让我们对胎儿浓度和NIPS有了更加深入的了解,再次感谢您接受我们的专访,也祝愿优迅在未来可以带来更多更好的产品!
17Apr
2019-11
随着基因测序技术的飞速发展,测序成本的下降使得基因检测正在加速走上临床;人们对于自身「基因密码」的渴求,让精准医疗成为一种趋势。激烈的行业竞争中,有一家刚刚满三年的行业新锐,满分通过国家卫生计生委(现卫健委)室间质量评价,成立 5 个月即登陆新三板,累计融资金额已超两亿、居行业前茅……她就是致力于打造全方位、一体化检测服务技术平台的优迅医学检验公司。在第二十一届全国临床肿瘤学大会(CSCO 学术年会)现场,丁香园与生物医学资深专家、优迅医学 CTO 伍启熹博士,就公司理念、产品优势、基因检测行业未来前景等话题,进行了深入交流。肿瘤与生殖健康「两翼齐飞」作为业内冉冉升起的行业新锐,优迅医学是为数不多的、同时布局有肿瘤和生育健康两条线的创新企业。数据显示,2017 年,两个产品线都有快速发展,生育线比 2016 年增长近 200%,肿瘤线增长了 469%。伍启熹博士介绍到,优迅的创始人团队是基因检测行业的资深从业者,他们亲身经历、参与了中国首个成熟基因检测产品 NIPT(无创产前检测)诞生的全过程。优迅在创立之初起,就以生育健康作为立业之本,「我们的初创团队,在生育健康的实验室建设、管理、生产,还有整个项目的运营管理及市场渠道和医疗资源方面,都有很大的优势。」而与肿瘤项目的结缘,要从 2014 年的行业共识说起。当时,业内普遍看好肿瘤精准医疗的市场潜力,相关公司如雨后春笋一般涌现出来。「优迅成立时,就组建了非常优秀的团队,进入到肿瘤精准医疗领域。」伍启熹说。临床数据也证明了优迅的判断。据《2014 年中国统计年鉴》,中国目前死亡率最高的疾病是恶性肿瘤,其次是心血管疾病和呼吸道疾病。传统的肿瘤诊疗方式相对粗放、无效性较高;而肿瘤基因靶向治疗让医生和患者获得了更多的实实在在的效果和期待。「敢于花钱,却不烧钱;需要资本,却不依赖资本。」这是优迅秉持的「金钱观」。公开资料显示,优迅一直保持研发投入的叠增态势,2017 年度研发营收比近 10%,而 2018 年度上半年的研发营收比预估将达 15%,已超过 2017 年证券市场上同类公司的披露数据。良好的财务状况、坚持大比例的研发投入,很大程度上保障了优迅肿瘤与生殖健康「两翼齐飞」的发展战略,也侧面印证了其产品受到广泛的市场认可。科研服务临床  拓宽 NIPT 差异化产品无创产前检测的市场相对成熟,入围企业越来越多,也意味着行业竞争异常激烈。伍启熹坦言,优迅发力这一领域,依靠的不仅是核心算法,更有保证建库效率与测序质量的专利流程,使优迅从湿实验到干实验(生物信息分析)的全流程都存在很大的技术优势。虽然此前一直从事生物医学相关专业,但刚来优迅的两个月时间,伍启熹还是被公司上上下下的「科技服务临床」氛围「震惊」了,「科研的气氛很浓,比高校并不差;更因为与临床市场反馈结合得非常紧密,所以各个环节都在高速往前跑。」 2017 年 11 月 9 日,由关永涛教授领衔的优迅生物信息学科研团队,在 NATRUE 子刊、美国 ACMG 会刊、临床遗传学领域最好的一本杂志之一 Genetics in Medicine(IF=8.2)发表文章,介绍了优迅自主研发的、基于贝叶斯统计学原理的 NIPT 新算法。" 相比传统的 Z 检验,优迅新算法建立胎儿比例计算模型,拟合概率分布,构建贝叶斯模型,计算贝叶斯因子。最终通过 z-zcore、杂合比、及贝叶斯因子三个参数对染色体是否异常进行有效评估,准确性更高;同时,此方法可计算每个受检样本的阳性预测值和阴性预测值,对医生有很大的临床价值,是传统的 Z 检验无法做到的。」伍启熹指出。丁香园还了解到,在专注推进科研方法学革新的同时,优迅紧随市场需求,拓宽了 NIPT 的应用范围,从之前的 3 条染色体检测,扩展到 16 条染色体检测,同时纳入了 115 种高发染色体微缺失 / 重复综合征以及 295 种智力障碍的检测,差异化的拳头产品,收获了非常好的市场反馈。「死磕」微量检测分析  将于明年上线全新 CTC在肿瘤精准医疗领域,通过检测肿瘤患者血液中的循环肿瘤细胞(CTC)和循环肿瘤 DNA(ct DNA)诊断和监测患者的肿瘤,被称为液体活组织检查。与传统活检方法相比,液体活检具有副作用小,操作简单,重复取样等优点,是目前行业中公认的肿瘤检测方法。优迅同时拥有 ct DNA 和 CTC 双平台,这在业内并不多见。在 ct DNA 方面的技术能力,得益于优迅的持续积累和探索,以及与国内多家一流肿瘤医院的深度合作。早在 2016 年 2 月,优迅就联合中国癌症基金会发起了全国多中心液态活检的项目,有 16 家国内一流的肿瘤医院参与;同年,在卫计委(现卫健委)临床检验中心发起的全国肿瘤 ctDNA 室间质量评价调查活动结果报告中,优迅医学在 74 家企业中脱颖而出,成为五家获得五项变异全部满分成绩的企业之一。谈到 CTC 检测,伍启熹介绍优迅正在布局重要的 CTC 活检平台。据了解,虽然 CTC 已经是业界公认的液体活检技术,但目前国内搭建相关平台的公司并不算多。最早,优迅选择与美国南加州大学合作,落地一个结直肠癌 CTC 平台,该平台最大的特点是不用借助特定的 CTC 仪器,依靠常规的实验室手段,就可以对 CTC 进行有效的分离和定量。而现在正在进行同北京协和医院的乳腺癌 CTC 科研合作,刚刚和中国医学科学院完成的甲状腺瘤 CTC 的临床探索,均获得了高价值的前期数据。液体活检中,对于微量信息的提取和分析,是特别的重点。以甲状腺癌为例,ctDNA 量极少,穿刺的成功率相对也比较低,医生对于能够辅助诊断的液体活检有强烈的需求。根据既往的 CTC 实验结果,伍启熹和团队发现,用优迅的数据平台,可以对正常样本、良性和恶性肿瘤做出比较好的区分;全新成熟的 CTC 产品,预计将于明年上市。 将重点布局肿瘤早筛领域  不少业内人士认为,ctDNA 应用场景的最大爆发点,将会出现在肿瘤早筛这个精准医疗领域的战略高地,而这也是优迅下阶段的布局重点。CSCO 卫星会上,优迅与北京协和医院、北大人民医院共同发布了应用「低深度 WGS 数据分析方法」的肺癌、乳腺癌早筛临床实验数据,其中,肺腺癌和肺鳞癌的精确度均在 91% 左右;乳腺癌因细化到不同分期和分子分型,特异性、灵敏性及准确性存在一定差异。「这体现了优迅核心算法的优势所在,我们可以在很低深度的情况下,通过模型进行筛选,实现肿瘤信息的早期捕获。这个方法有很强的技术壁垒,因此,我们有信心它能保证优迅在一段时间内的业内领先地位。」伍启熹认为。采访中,丁香园获悉,以肺癌和乳腺癌作为科研题目切入点,基于突变率和突变模式的生物信息学方法,在一期试验的基础上,推进二期和三期大型临床实验,逐渐推动泛肿瘤早筛的全面基因组检测研发,是优迅肿瘤早筛项目的未来发展战略。谈愿景:成为更贴近临床的基因检测服务商 「优迅绝对不会做闭门造车的事情。」谈及「产品要贴近临床」的企业理念时,伍启熹说道。 基因科技行业尤其是临床转化环节存在较高的技术壁垒,因此,很多公司的初创团队由资深的学术专家组成,这虽带来了专业的精进,但客观上也造成了「唯技术论」的存在——擅长什么就去开发什么,忽略市场的反馈和需求。 也正因为看到了学术专家团队在发展中的「双刃剑」,优迅的核心管理层在企业创办伊始,就牢牢树立了「产品要贴近临床」的理念,非常重视客户给的市场反馈和临床反馈,并将这些理念传递到团队的每名成员、贯彻到每个项目中。 从科研项目立项前的临床转化可行性评估,到公司内部的项目团队负责机制,贴近临床的理念和一系列促进良性发展的机制,保障了优迅团队对于市场反馈的快速反应,快进快出,快速迭代——如果市场反馈或者临床反馈非常好的产品,团队不断优化;如果是反馈不好的产品,果断退市。 据伍启熹介绍,优迅目前已形成一套「风险预警 - 早筛早诊 - 用药指导 - 预后评估 - 动态监测」的全病程、整合式的肿瘤诊疗方案。「很多技术上的东西还是要落实到应用,去造福患者;科研与临床之间存在的鸿沟,需要用我们的努力弥合,这就是我们的价值所在,从临床出发,为临床服务,成为更贴近临床的基因检测服务商,是所有优迅人的愿景。
30Sep
2018-11
一、受访嘉宾简介张静波 优迅医学 生物信息总监个人简介:毕业于哈尔滨医科大学,生物信息学专业。多年NGS工作经验,主攻肿瘤方向,尤其在ctDNA的研发方面成果颇丰。工作期间发表循环肿瘤DNA(ctDNA)相关应用型文章数10篇并转化为ctDNA系列产品;第一发明人专利2项,软件著作权10多项,曾参与多项863项目和十三五项目申报工作。目前主攻核心算法更新,新产品分析流程搭建,临床样本多组学数据深度挖掘;并着力构建规范化核心解读数据库,人工智能引入报告解读。徐寒黎 优迅医学 生物信息研发总监个人简介:东南大学生物医学工程博士,美国贝勒医学院访问学者,现任北京优迅医学检验实验室有限公司生物信息研发总监。主要研究方向为基于生物统计和生物信息学技术开发适用于复杂疾病致病基因筛选,无创产前基因组病和单基因病筛查,肿瘤个体化用药和免疫治疗,泛癌种的肿瘤早筛的新型检测方法。先后承担/参与国家、北京市级等项目4 项,共计发表一作SCI 论文2 篇,申请国家发明专利5 项(其中授权2 项)和十余项软件著作权。方楠 优迅医学 研发总监个人简介:国立武汉大学生命科学学院博士,北京微生物与流行病学研究所博士后,发表多篇国际论文。拥有多年高水平团队实验室管理经验并长期致力于前沿检测平台的项目研发及产业化转化。他领导建立的实验体系包含目前基因检测相关多个主流平台,以illumina平台的液态捕获优化与核酸质谱平台检测SNP见长。他领导建立的二代测序平台可对点突变、插入、缺失及融合基因等多种类型的突变进行全面的检测。杜蓉 优迅医学 肿瘤产品总监个人简介:现任北京优迅医学检验实验室肿瘤产品部产品总监,负责优迅肿瘤产品开发推广、学术支持及遗传咨询相关工作。在优迅任职期间,主持孵化了优替®肿瘤个体化治疗基因检测、优替®乳腺癌21基因检测、优替®肿瘤细胞微卫星不稳定性检测、优旭®循环肿瘤DNA(ctDNA)检测、优旭®循环肿瘤细胞(CTC)检测、优逸®遗传性肿瘤易感基因筛查、优替®甲状腺癌个体化诊疗等肿瘤系列产品。曾在百济神州等国内顶级新药研发企业任职资深研究员。拥有10年肿瘤分子靶向药物及肿瘤免疫治疗药物研发专业背景。之后进行肿瘤NGS领域,在临床个体化治疗、二代测序及其他相关临床检验领域有着丰富的临床经验。SCI发表文章5篇,核心期刊发表论文2篇。二、采访内容【医学中文网】:据了解,优迅目前搭建了ctDNA和CTC的液态活检双平台,那么液态活检在临床中有哪些应用,未来有什么挑战?【优迅医学 生物信息负责人 张静波】:伴随着测序成本的超摩尔定律下降,液体活检成为了市场的宠儿,CTC、ctDNA和外泌体是液态活检三剑客。对于液态活检的临床应用,从检测的难易度划分,目前相对成熟的产品是伴随检测,主要是用药检测,其次是遗传性疾病易感检测,再就是肿瘤复发和转移的监控市场,最后最难的是早筛早诊。所以我个人认为液态活检未来的挑战应该是在肿瘤早筛方向,因为早筛需要性能优越但成本低廉的方法,而我们知道如果用常规的肿瘤相关的somatic位点进行早筛需要高深度测序,这样的话成本就会很高,因此这就可能需要我们跳出固有思维,从思路和技术上进行完全的创新,才能真正把液态活检真正应用到临床肿瘤早筛,优迅现在正在开展的低深度全基因组测序技术基于我们拥有自主知识产权的CCeS三维泛肿瘤早筛分析模型,就是一种打破常规的全新尝试,使得肿瘤早筛真真正正的具备了产品化落地的可行性,我也希望这个技术能够尽快通过最后的临床试验阶段,这是一件利国利民的大事。【医学中文网】:今年的csco大会上,多家公司公布了肿瘤早筛方面的研究进展和临床数据,与其他检测手段如甲基化检测相比,优迅医学开发的低深度WGS泛肿瘤早筛技术具有怎样的优势?【优迅医学 生物信息研发总监 徐寒黎】:肿瘤早筛一直是精准医疗领域的战略高地,每家企业都在各施所长的投入研发,优迅的科技团队开发的WGS泛肿瘤早筛技术具有以下三个优势:1)泛肿瘤检测:甲基化技术等其他方法是通过somatic mutation进行早筛的方法,只针对特定癌种相关的基因位点,不同癌种marker不同,通用性差,不能进行泛肿瘤筛查,而我们的方法打破了这种特定癌种特定marker的局面,从WGS角度,通过算法优势做到了泛肿瘤早筛,并且前期数据显示,方法精确度,特异性和灵敏性均在90%以上。2)方法创新:生物信息的核心算法一直是优迅的优势所在。生信团队在关永涛教授的带领下,我们首创采用低深度WGS技术,基于CCeS三维泛肿瘤早筛分析方法从cfDNA浓度、CNV模式及error Spectrum三个角度分析数据建立早筛模型。我们可以实现在很低深度的情况下通过模型进行筛选,实现早期肿瘤信息的捕获。而这具有很强的技术壁垒,能够保证优迅在一定时间之内保持业内领先地位。3)成本低:早筛市场是千亿市场,规模大,但绝大部分受众人群是普通老百姓,市场要求早筛产品成本不能过高。但是肿瘤早筛需要从血液当中检测到超低频的突变信息,其他方法需要极高的测序深度才能实现,检测成本非常高。而优迅采用低深度WGS技术,测序只需要1X,当然这也是基于我们在核心算法方面的优势,这样整体成本就能很好的控制。此外,甲基化的方法对实验要求有一定的技术门槛,对转化率要求较高。一旦实验不过关,结果的准确性就大受影响。优迅早筛方法的实验流程简单,技术门槛较低,便于产品落地后与医院共建实验室的市场推广。【医学中文网】:在现在第三方基因检测产品趋同化的环境下,如何取得技术优势呢?【优迅医学 研发总监 方楠】:如你所说,目前行业当中的成熟产品的同质化情况突出,在这种环境下首先要做的是技术细节对于产品质量的支持和保证,比如更好的样本保存和提取技术,使我们对于细针穿刺的涂片样本,依然有极高的成功率,同时通过对实验每一个环节流程的极致优化,达到高效、省时、低成本的目标,也保证了优迅的检测周期优于行业平均水平。此外,优迅十分重视科研合作项目的技术创新与产品孵化工作。16年初优迅携手中国癌症基金会共同发起了全国多中心液态活检项目,联合全国各地区16家顶级肿瘤医疗机构共同参与。优迅的ctDNA检测平台正是在该项目的磨砺下,不断精进,连续两次在卫健委举办的肿瘤ctDNA室间质评中全部五项变异皆满分通过,是全国仅有的三家公司之一。优迅的研发团队不断地追求创新与突破。比如我们这次推出的肿瘤早筛方法,真正从产品出发,设计与构思技术路线。也感谢众多专家和同行业者的工作和成果,使得我们能够在前人的基础上做出选择和决策,希望能够得到医生与同行业者的支持与考验。【医学中文网】:除了肿瘤早筛之外,能不能谈一谈优迅肿瘤产品线接下来会有哪些布局?【优迅医学 肿瘤产品部总监 杜蓉】:优迅医学的slogan是做更贴近临床的基因检测服务商,因此从公司成立伊始,就特别重视临床的需求,优迅的肿瘤产品线就是在临床中不断的反馈完善中建立起来的。目前优迅已经实现了从风险预警-早筛早诊-用药指导-预后评估-动态监测的肿瘤整合式诊疗方案全覆盖。其中用药指导及动态监测相辅相成,我们的重点仍会放在这方面。期待做到最优最全面。针对不同疾病阶段、不同个人情况的患者,我们会细分不同的对应产品,期待能够提供更体现最新临床研究,更精准,性价比更高的临床检测服务。例如我们目前临床应用最热门的产品即全景观基因检测,正是顺应目前免疫抑制剂类药物临床应用的大势,不仅仅对原有靶向药物、化疗药物疗效及毒副作用进行评估,还通过MSI检测、MMR基因变异检测、PD-L1检测及TMB评估等综合评估免疫抑制剂类药物的疗效。为患者提供更全面的治疗选择。此外,正如方楠所说,优迅善于在科研合作项目的临床转化。我们最近推出的甲状腺癌检测产品便孵化于我们跟医科院肿瘤医院头颈外科的专家一起合作的科研项目,该项目的临床数据结果优秀,具备了临床转化条件,可在临床上应用于甲状腺癌的良恶性鉴别与预后评估。源于临床用于临床,因此预计今年的第四季度,我们甲状腺癌产品将进行全面上市及升级,为临床良恶鉴别、预后评估 、靶药指导及遗传筛查等应用提供辅助参考,让我们一起期待新品检测服务的上市吧。此次【医学中文网】采访优迅医学技术核心团队成员是在厦门国际会展中心的优迅医学展位上进行,我们到的时候刚好他们工作人员在拍大合影。整个团队洋溢着欢乐的气氛,非常阳光。后来在采访过程中接触到技术核心团队以及市场总监唐宇,每个人都非常热情、谦逊而又非常专业。有这样的Leaders和团队,我们相信优迅医学肯定会发展得越来越好。非常感谢优迅医学接受医学中文网采访,祝愿优迅医学事业蒸蒸日上,业绩长虹!三、优迅医学简介北京优迅医学检验实验室有限公司属国家高新技术企业,坐落于海淀区西山脚下科技创新型企业云集的益园创新产业基地。优迅以一批有志于推动基因科技及其产业化创新发展,拥有丰富实践经验和成熟运作模式与雄厚市场渠道的专业精英团队为核心。作为以创新为驱动力的高科技公司,优迅相信基因科技为代表的大数据科学将在可以预见的未来,对生命科学、医药卫生和健康领域产生颠覆性影响,进而不断深入生活,持续延长人类的生存期和提高改善生命周期品质,甚至促使人类重新思考、理解和处置与自然、与社会的关系,以寻求更加和谐持续的生产生活方式。此外,优迅利用区位优势,积极寻求与国内顶级科技院校合作,共建科学研究联合实验室,共创产业技术孵化基地,共推大学生社会实践与创想扶持中心,打造生物基因领域产学研的一体化发展新常态,开拓技术创造、产品创新、市场创意、人才创客的融合式崛起新模式。目前,优迅的主要业务方向是规模化出生缺陷检测服务与肿瘤精准医疗产业化进展,自主研发并形成了一批特色产品与服务,成功打造了全方位一体化的检测服务技术平台,立足北京,辐射全国,业务已遍布全国近二十个省市地区。同时,优迅仍在不断增加服务能力,拓展海内外业务领域,以期更好满足正在迅速增长的新型临床检验服务需求。四、优迅医学2018CSCO卫星会精彩回顾王洁教授主持张树才主任作报告徐寒黎博士现场观众杨帆主任沈松杰主任观众提问徐寒黎博士回答杨帆主任回答
28Sep
2018-11
DNA损伤修复(DNA Damage Repair, DDR)是机体应对内外源因素引起DNA损伤、维持DNA稳定性的一种重要修复机制。肿瘤细胞中存在DDR基因功能失调,进而引起突变增多和基因组的不稳定。近年来,有研究发现DDR突变可作为癌症治疗的靶点,且与化疗、免疫治疗和临床预后等相关。近日,由北京协和医院肝脏外科完成的一项研究成果发表在Clinical Cancer Research。文章第一作者林健振博士表示,该研究为DDR突变型原发性肝癌患者的临床转化治疗提供了理论参考和依据。原发性肝癌是目前导致全球癌症死亡的第五大原因,其主要病理类型包括肝细胞癌(HCC),肝内胆管细胞癌(ICC)和混合性肝细胞胆管细胞癌(H-ChC)。随着对原发性肝癌基因组学的深入挖掘,科学家发现,其癌症基因组具有高度异质性和不稳定性,有肝炎病毒感染的原发性肝炎与DNA损伤密切相关。越来越多的证据表明,DDR基因功能障碍或缺陷与癌症易感性以及某些散发性癌症(包括乳腺癌、卵巢癌、尿路上皮癌和胰腺癌)的发生有关。携带BRCA1/2基因(DDR通路的明星基因)变异的癌症患者对PARP抑制剂具有良好的响应。在卵巢癌等癌种中的研究结果表明,DDR基因表达与化疗敏感性有关。此外,还有研究显示,DDR通路基因变异与高肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden, TMB)有关,可做为独立预测因子预测免疫检查点抑制剂治疗的疗效。但有关原发性肝癌DDR突变特点及其潜在的临床转化价值尚未得到充分研究。针对以上问题,该研究团队采用靶向深度测序技术(tNGS-panel),针对性检测了450个肿瘤相关基因,包括31个DDR基因。研究人员共分析了357名中国原发性肝癌患者的基因测序结果,其中包括214例肝细胞癌,122例肝内胆管细胞癌和24例混合性肝细胞癌-胆管细胞癌。研究发现,25.8%的肝癌患者携带至少一个DDR基因变异,其中最常见的突变类型是碱基替换/插入缺失(54.24%),其次是截短变异(36.44%)。突变频率最高的DDR基因包括ATM(5%),BRCA1/2(4.8%)。此外,DDR突变可存在胚系细胞(germline)层面,共有15名患者(7名HCC,8名ICC)拥有有害的胚系突变,突变基因涉及BRCA2、BRCA1、ATM、PMS2、BLM、FANCA、MLH1和RAD50。其中除一例MLH1的错义替换外,其余均为编码区的截短变异。通过进一步的家系收集及研究,研究人员成功鉴定出3个BRCA2致病性胚系突变遗传家系,证实DDR突变可为肝癌(尤其ICC)的易感性因素。图1. 不同病理类型原发性肝癌DDR基因突变分布DDR基因突变会干扰细胞修复不同DNA损伤的能力,进而引起基因组突变的累积,导致TMB升高。研究人员经研究证实,DDR突变肝癌患者的TMB均显著高于DDR基因野生型肝癌患者。同时,DDR突变肝癌患者高TMB比例更高。研究团队利用TCGA-LIHC数据集进一步验证了肝癌中DDR突变与TMB增高的相关性。经多元相关性分析发现,其中“BFM”(BER/FA/MMR)亚家族的基因突变与TMB增高相关性更强。以上结果显示,在肝癌患者中,DDR突变,尤其是BFM突变肝癌患者的TMB显著较高。在DDR基因中,具有BRCA1/2致病突变的患者能够通过合成致死机制,从PARP抑制剂治疗中获益。PARP抑制剂也已获批用于BRCA1/2胚系突变和体系突变的乳腺癌和卵巢癌患者的治疗,但PARP抑制剂在原发性肝癌中的研究尚十分缺乏。该研究团队发现,4.8%(17/357)的患者具有BRCA1/2变异,其中7例为胚系突变。针对该研究纳入的8名BRCA突变肝癌患者,研究团队使用了PARP抑制剂奥拉帕尼(200mg BID)作为终末期治疗方案,进一步将疗效与基因变异特点关联。分析结果显示,携带BRCA1/2胚系截短变异的肝癌患者更能从治疗中获益。以上研究结果表明,鉴定DDR突变的原发性肝癌患者可以促进和拓宽精确肿瘤学的临床应用,并且特定的基因型可以为靶向治疗和免疫治疗的应用提供有价值的参考信息。图2. BRCA1/2突变模式及靶向治疗疗效示意图此外,该研究还分析了DDR突变肝癌患者中其他共突变基因和可用药基因的分布情况。结果发现,DDR突变的原发性肝癌患者中突变频率最高的基因分别是TP53(46.7%),TERT(27.2%),ATM(19.6%),ARID1A(13.0%)和CTNNB1(10.9%)。28.3%的患者存在染色质修饰基因的变化。26.1%(24/92)的DDR突变肝癌患者和18.9%(50/265)的DDR野生型肝癌患者具有可用药基因变异(2B级或3A级的OncoKB推荐)。在DDR突变肝癌患者中,除BRCA1/2致癌突变外,还有TSC 1/2致癌突变,IDH1/2致癌突变,ERBB2扩增和FGFR2融合。与DDR突变肝癌患者相比,DDR野生型肝癌患者具有更高频率的IDH1/2和TSC1/2致癌突变。图3.原发性肝癌患者可作用靶点的基因突变频率文章通讯作者赵海涛教授点评:对于DDR突变型原发性肝癌,初步的临床治疗探索也凸显了PARP抑制剂和免疫治疗在此类特殊患者中进行临床转化的前景。在精准医学飞速发展的今天,医学与先进技术的结合为难治性恶性肿瘤患者带来了新的希望。
22May
2019-11
在大自然中,生物的基因组可利用64个密码子编码蛋白质的合成,并能从多达6个同义编码子中选择1个有义密码子来编码每个氨基酸。同义密码子具有多样性特点,并可能在基因组的不同位置具有不同的作用。已有研究发现,许多同义替换是有害的,同义密码子的改变会影响mRNA的折叠,蛋白的表达和共翻译蛋白折叠。5月16日,剑桥大学的科学家在《自然》发表了合成生物学的重磅研究成果。该研究团队证明,通过在基因组范围内用定义的同义密码子替换目标密码子,用于编码标准氨基酸的密码子数目可以减少。基于此,该研究团队通过高保真人工合成技术,将大肠杆菌4Mb的基因组被替换为合成基因组,该大肠杆菌变体只有61个密码子,打破了传统生命体中64个密码子编码蛋白质的认知。该文章标题为“Total synthesis of Escherichia coli with a recoded genome”。图1. 该文章发表在《自然》研究团队通过合成基因组构建了一种可定义的重编码和重构方案,该方案只需在7个位置上进行简单的矫正,就可以替换基因组中已知的两个同义密码子和一个终止密码子。为此,研究人员设计了开放阅读框(ORF),重新编码了18,214个密码子,并成功将大肠杆菌中丝氨酸密码子TCG、TCA替换为同义密码子AGC、AGT,琥珀密码子TAG替换为TAA。最终构建出一株只有61个密码子的大肠杆菌。该大肠杆菌可利用59个密码子编码20个氨基酸,并可删除此前必需的转移RNA。研究中,合成基因组被分成8个部分(A至H),每个部分长约0.5Mb。每个部分又分成4~5个片段,可产生37个91kb~136kb的片段。研究人员将这些合成片段放置在非必需基因之间的基因区域,将片段进一步打断成为9~14个长度约为10kb的片段。经过试验验证和方案优化,研究人员最终可在基因组范围内将全部的UCG、UCA、UAG都替换为同义密码子。图2. 大肠杆菌Syn61中同义密码子的压缩替换。在基因组的整合研究中,研究团队利用了细菌接合的方法,并成功替换了大肠杆菌1.8万个目标密码子,该菌株被命名为Syn61。在Syn61中缺失了编码tRNASerUGA的serT,编码tRNASerCGA的serU和编码RF1的prfA这三个必需基因,表明同义密码子被成功压缩。据悉,该过程引入了8个非预期突变,研究人员表示这不影响重编码。图3. 大肠杆菌Syn61的生物学特征。最后,研究团队对Syn61的部分性状进行了检验。研究结果显示,在LB培养基中,Syn61繁殖速度是原菌株的1.6倍,其菌体长度略长于原菌株。在蛋白组检测中未发现明显差异。研究团队表示,将在后续研究中描述Syn61中同义密码子替换的后果,并研究其他重新编码方案。此前,有大量的重编码方案理论,但并非所有的重新编码方案都是可行的。有研究仅能在基因组中重新编码定义83个(0.43%)目标密码子,该研究利用重构和重新编码方案合成了新的基因组,并能完成全基因组范围内的同义密码子替换。该研究方案可定向、无缝稳健的整合合成基因组,为未来的基因组合成提供了蓝图,也为重编码多种非标准氨基酸甚至合成非标准氨基酸高聚物奠定了基础。
22May
2019-11
自闭症和精神分裂症听起来是风马牛不相及的两个疾病,但早有研究证明两种疾病的患者大脑具有相似的基因表达,就像是一枚硬币的两面,非自闭即精分。但究其根源,背后的生物学机制尚不明确。Anthony-Samuel LaMantia教授(右)与心理学系助理教授吴光英(左)近日,乔治华盛顿大学(GW)神经科学研究所的研究人员揭开其神秘面纱,研究指出大脑中连接不足或连接太少,可能是自闭症或精神分裂症等脑部疾病的发病原因。这一相关研究已于近日发表在《Neuron》杂志上。DOI:https://doi.org/10.1016/j.neuron.2019.04.013该项研究首次验证了大脑连接不足是这类神经疾病的基础假说。由于基因和线粒体功能障碍,大脑皮层的关键神经细胞在早期发育过程中生长受限,所以单个神经细胞无法建立正确数量的连接,从而导致精神疾病的发生。乔治华盛顿大学的研究团队使用DiGeorge/22q11缺失综合征小鼠模型作为研究对象(一种已知与精神分裂症和自闭症等疾病有最高遗传关联的常见疾病),研究结果首次确认,连接不足是行为缺陷的根源,而不是过度连接。线粒体中活性氧的失调研究发现患有DiGeorge/22q11缺失综合征的小鼠在大脑皮层突触的完整性和效率性上有所降低,并且由于线粒体功能失调,连接细胞异常。由于线粒体长期以来被认为是细胞的动力源。研究小组随后对此理论进行了验证,即这些细胞中的线粒体可能由于活性氧种类的增加而功能失调,活性氧分子在细胞中自由游荡并造成广泛的损伤。最后,研究小组使用抗氧化疗法来中和这些危险的氧“自由基”,以帮助恢复线粒体功能。研究发现,这种疗法不仅固定了连接,还纠正了行为缺陷。DOI:https ://doi.org/10.1016/j.neuron.2019.04.013Txrnd2基因的“修复”功能研究细节显示,研究小组对22号染色体上的28个基因进行观察,这些基因在患有DiGeorge/22q11缺失综合征的个体中丢失了两个拷贝中的一个。他们集中研究了这28个基因中与线粒体相关的6个基因。发现Txrnd2基因在连接不足的皮质细胞的生长和连接中起着关键作用。Txrnd2基因的编码中含有一种可以中和线粒体中活性氧的酶,能够作为未连接的皮质细胞生长和链接的关键参与者。研究表明,皮质连接不足和认知障碍与导致DiGeorge/22q11缺失综合征线粒体功能障碍的基因有关。当通过抗氧化治疗恢复线粒体功能时,皮质连接和行为缺陷也会恢复。该研究的资深作者、乔治华盛顿大学神经科学研究所所长Anthony-Samuel LaMantia博士和医学与健康学院神经科学教授Jeffrey Lieberman都对此研究成果表示到:“我们的研究表明,线粒体缺陷可以通过药物治疗或饮食来治疗。由于基因缺陷导致代谢紊乱而被诊断为患有精神疾病的儿童,在某些情况下也能够被治愈。这也是首次从基因突变,到细胞病理,再到行为后果,再到安全有效的治疗,利用有效的动物模型来纠正神经发育障碍导致的病理和行为障碍。“参考资料:[1] Neurodevelopmental disorders may be rooted in genetics and mitochondrial deficits[2] Mitochondrial Dysfunction Leads to Cortical Under-Connectivity and Cognitive Impairment
15May
2019-11